根据《劳动合同法实施条例》第四条，劳动合同法规定的用人单位设立的分支机构，依法取得营业执照或者登记证书的，可以作为用人单位与劳动者订立劳动合同；未依法取得营业执照或者登记证书的，受用人单位委托可以与劳动者订立劳动合同。

如果分支机构（分公司）没有营业执照或登记的情况下，如发生用工，劳动者应以有营业执照的总公司（上级单位）为被申请人/被告，申请劳动仲裁或诉讼。无论是否签订了劳动合同，无论劳动合同上写明的用人单位是分支机构还是总公司。如果分支机构（分公司）有营业执照或登记证书，该分支机构（分公司）可以作为用人单位，与劳动者成立劳动关系，劳动者可以告分支机构（分公司）主张权益。

可是，如果在所工作的分支机构有营业执照或登记的情况下，发生劳动争议，能不能告总公司，这是比较复杂的问题，也是实务中并未完全统一意见的问题。

一、如有书面劳动合同，则应以书面劳动合同上写明的用人单位作为被申请人或被告。

二、如无书面劳动合同，但有充分的证据表明系与分公司建立劳动关系，则可以告分公司。所谓充分的证据，包括有分公司盖章确认劳动关系的文件，工资发放，社保缴费情况等。

三、如无书面劳动合同，也无充分证据证明系与分公司建立劳动关系，则应告总公司。如果告分公司，则如果分公司否认，则劳动者将陷入被动。

理论上讲，即使分公司有营业执照，依照《劳动合同法实施条例》第四条可以作为用人单位，但该分公司并不具备独立承担责任能力，其法律后果应由总公司承担。因此，从责任承担上，分公司用工就等于是总公司用工。诚然，分公司具备诉讼主体资格可以作为被告，但不等于必须作为被告。从最终法律责任主体的角度考虑，笔者认为，即使是分公司用工或与分公司签订了劳动合同，告总公司也是没有问题的，更明确一点说，与分公司形成劳动关系的和同时与总公司形成劳动关系，两者并不矛盾，是合乎法理的。然而，在实务中，这一点并未统一。有的仲裁机构或法官，似乎把分公司与总公司当作两个主体。有的案件中，员工告总公司，有证据表明员工在分公司上班，最后裁决驳回员工诉请，理由是员工告错了，应该告分公司，这显然不合法理。