分公司的税收可以自行向税务机关申报。总公司的利润可以弥补其损失；总公司可以将效益好的资产转移给子公司，处理不良资产。根据相关法律规定，公司应当在每个会计年度末编制财务会计报告，并依法经会计师事务所审计。财务会计报告应当依照法律、行政法规和国务院财政部门的规定制作。

分公司税收征管

根据税收征管法的规定，企业在外地设立分公司的，必须到分公司所在地的税务管理机关办理税务登记。《税收征收管理法》第九条：企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位（以下统称从事生产、经营的纳税人）自领取营业执照之日起三十日内，持有关证件，向税务机关申报办理税务登记。税务机关审核后发给税务登记证件。

在总公司所在地以外的地点成立分公司的，按照税种的不同，对该税种的征收方式、征收地点也有所不同。如对于增值税来说，则应当由总公司和分公司公别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。

《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条：增值税纳税地点：

（一）固定业户应当向其机构所在地主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地主管税务机关申报纳税；经国家税务总局或其授权的税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地主管税务机关申报纳税。

（二）固定业户到外县（市）销售货物的，应当向其机构所在地主管税务机关申请开具外出经营活动税收管理证明，向其机构所在地主管税务机关申报纳税。未持有其机构所在地主管税务机关核发的外出经营活动税收管理证明，到外县（市）销售货物或者应税劳务的，应当向销售地主管税务机关申报纳税；未向销售地主管税务机关申报纳税的，由其机构所在地主管税务机关补征税款。

（三）非固定业户销售货物或应税劳务，应当向销售地主管税务机关申报纳税。

（四）进口货物，应当由进口人或其代理人向报关地海关申报纳税。

对于企业所得税，由于其要求由实行独立核算的企业或组织纳税，所以如果设立的分公司不实行独立核算的话，就不应单独缴纳企业所得税，而应当由总公司一并缴纳。

《企业所得税暂行条例》第二条：下列实行独立经济核算的企业或者组织，为企业所得税的纳税义务人（以下简称纳税人）：（一）国有企业；（二）集体企业；（三）私营企业；（四）联营企业；（五）股份制企业；（六）有生产、经营所得和其他所得的其他组织。

《中华人民共和国公司法》第一百六十四条公司应当在每一会计年度终了时编制财务会计报告，并依法经会计师事务所审计。

财务会计报告应当依照法律、行政法规和国务院财政部门的规定制作。