1、公司有合同纠纷的，在处理完合同纠纷前，公司不能注销。公司要在清算结束，清算报告经确定后，才能申请注销。

2、法律依据：《中华人民共和国公司法》第一百八十六条【清算程序】清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。

公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。

清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。

第一百八十八条【公司注销】公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。

一、人民法院强制清算条件

强制清算，是指公司因公司章程规定的营业期限届满等事由而解散，但公司逾期不成立清算组进行清算的，债权人或股东可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。由此可见，提起强制清算需符合以下条件：

1、公司解散。包括公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现；股东会或者股东大会决议解散；依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销；公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司。

2、逾期不成立清算组进行清算或虽然成立清算组但故意拖延清算，或存在其他违法清算行为可能损害债权人或股东利益的。

对于具有上述解散事由的公司，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。清算组成员应当忠于职守，依法履行清算义务，不得利用职权收受贿赂或者其他非法收入，不得侵占公司财产。

3、债权人或股东向法院申请强制清算。公司逾期不成立清算组进行清算或公司自行成立的清算组有故意拖延清算，或存在其他违法清算可能损害债权人或股东利益的行为的，则公司债权人或股东可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。

4、公司未提出异议。公司作为被申请人，对股东申请人享有的股权提出异议，对债权人申请人享有的债权提出异议，或认为公司根本未发生解散事由的，则除非申请人可就上述异议事项提供生效法律文书予以确认，或对发生被吊销企业法人营业执照、责令关闭或者被撤销等解散事由有明确、充分证据，否则法院对债权人或股东作为申请人提起的强制清算申请不予受理。申请人应就有关争议单独提起诉讼或者仲裁予以确认后，另行向人民法院提起强制清算申请。