被告A材料公司与B公司都是具有外贸经营权的企业。A公司的地址在甲市，B公司地址在乙市，并在甲市设有办事处。

A、B两公司签订了联合出口原木的协议。协议规定由A公司办理出口手续，对外签约及执行合同，办理制单结汇。B公司负责组织货源及装船。而后A公司与C国D公司签订了原木买卖合同，之后，A公司向B公司出具了对外签订的买卖合同及信用证等有关出口单证。B公司根据合同及出口单证，以A公司的名义同原告E航运公司达成了海上货物运输协议，该协议没有加盖合同双方单位印章，只有承运人代表及B公司业务员的签字。运输协议规定如发生争议，由本国贸促会仲裁，适用本国法律。同年8月28日，原告轮船抵港受载，A公司知道此事并没有提出异议，反依约向B公司出具了标明A公司的出口许可证、信用证、商检证、报送单等出口单证。B公司业务员用A公司出具的单证，以A公司名义办理了托运手续。同月29日，E公司轮船于该港装货。9月10日，该轮到达C国X港卸货。因货物质量问题，C国收货人没有及时向A公司汇付货款。9月24日，原告通知A公司将运费汇至自己的帐户，但A公司未付。原告又与B公司联系未果。11月11日A公司致电C国D公司称：3个月前运抵该国X港的原木，系其卖给S公司的货物，除本公司外的其他方主张是该批木材的货主的确认书，都是仿造的、无效的。对该批木材遇到的困难，只能由本公司与贵公司协商解决。

原告在催索运费未果的情况下，于第二年3月依约向中国海事仲裁委员会提起仲裁，并支付了仲裁费520美元，由于A公司否认E公司轮运费与它有关，拒绝仲裁。中国海事仲裁委员会以被诉人尚未确定为理由，不予受理。原告遂于同年5月26日向F市海事法院提起诉讼，要求法院判令两被告支付运费若干，仲裁费520美元以及上述款项的银行同期利息。两被告在书面答辩中对F海事法院对该案的管辖没有提出异议。

问：本案仲裁协议是否有效？法院对案件管辖是否合理？

答：根据我国法律仲裁协议具有效力必须包含以下内容：有明确的仲裁地点、明确的仲裁机构、指明仲裁争议事项。本案运输合同中的仲裁条款应该来说是有效的，符合有效仲裁条款的要求。但却发生了原告提交仲裁后，由于被告否认自己为合同当事人而拒绝仲裁，仲裁庭不予受理的情况。笔者认为仲裁庭如此处理值得商榷。仲裁庭的行为当以仲裁条款和仲裁法为准。在原告向海事法院起诉，两被告应诉的情况下，应视为双方合意放弃仲裁条款，选择诉讼作为解决争议的方式，所以法院对案件的管辖是合理的。