熟人强奸案证据不足的处理方法如下：

1、公安机关在侦查阶段证据不足的，可以依法进行补充侦查；

2、检察机关收到公安机关移送的材料后，认为故意伤害案件证据不足的，可以责令公安机关补充侦查，补充侦查后证据仍然不足的，可以作出不起诉的决定；

3、人民法院审理刑事案件后，如果证据不足的，可以宣告被告人无罪，并且当庭释放被告人。

一、如果第二次公安证据不足怎么办

在刑事诉讼中，公安机关侦查终结的案件，一律由人民检察院审查决定是否起诉。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。补充侦查以二次为限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。如果被不起诉人在押，应当立即释放。

二、一般来说：如果刑事案件，法院会认定证据不足，无罪释放；如果是民事案件，法院会驳回原告诉讼请求。其中，刑事案件中坚持疑罪从无原则，凡属证据不足、事实不清的案件，一律做无罪处理。具体来说：刑事案件事实不清，证据不足的案件，处理方式分为侦查阶段、审查起诉阶段、审判阶段不同的三种情况。

1、在侦查阶段，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。在

2、审查起诉阶段，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。

3、在审判阶段，在人民法院宣告判决前，人民检察院发现证据不足或证据发生变化，不符合起诉条件的，可以撤回起诉。对于撤回起诉的案件，人民检察院应当在撤回起诉后三十日以内作出不起诉决定。需要重新侦查的，应当在作出不起诉决定后将案卷材料退回公安机关，建议公安机关重新侦查并书面说明理由。