处理股权确认纠纷，可以达成一致意见处理，也可以起诉到法院来进行办理，股权纠纷是指在公司存续过程中，股东通过不断行使各种权利来推动公司的运作，股东之间或股东与非股东之间也时常发生股权转让的情况，由此而引发的股权争议案件，包括股东权纠纷、股权转让纠纷，且逐步成为公司法案件的主要类型之一。诸如利益争夺、政府职能的错误和地方保护主义的存在、国有股和法人股不能流通及不完善的法人治理结构、盲目购并和动机不良购并法制、法规不完善、信息披露不充分等均会引起股权纠纷。

一、股权转让的税费情况

1、企业所得税

（1）企业在一般的股权（包括转让股票或股份）买卖中，应按《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》有关规定执行。股权转让人应分享的被投资方累计未分配利润或累计盈余公积金应确认为股权转让所得，不得确认为股息性质的所得。

（2）企业进行清算或转让全资子公司以及持股95％以上的企业时，应按《国家税务总局关于印发的通知》的有关规定执行。投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得。为避免对税后利润重复征税，影响企业改组活动，在计算投资方的股权转让所得时，允许从转让收入中减除上述股息性质的所得。

（3）按照《国家税务总局关于执行需要明确的有关所得税问题的通知》第三条规定，企业已提取减值、跌价或坏帐准备的资产，如果有关准备在申报纳税时已调增应纳税所得，转让处置有关资产而冲销的相关准备应允许作相反的纳税调整。因此，企业清算或转让子公司（或独立核算的分公司）的全部股权时，被清算或被转让企业应按过去已冲销并调增应纳税所得的坏帐准备等各项资产减值准备的数额，相应调减应纳税所得，增加未分配利润，转让人（或投资方）按享有的权益份额确认为股息性质的所得。

企业股权投资转让所得和损失的所得税处理

（4）企业股权投资转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。企业股权投资转让所得应当并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。

（5）企业因收回、转让或清算处置股权投资而发生的股权投资损失，可以在税前扣除，但每一纳税年度扣除的股权投资损失，不得超过当年实现的股权投资收益和投资转让所得，超过部分可无限期向以后纳税年度结转扣除。

2、增值税

企业的股权转让，常常按金融商品转让征收增值税，一般纳税人税率6％；小规模纳税人征收率3％。

3、契税

根据规定，在股权转让中，单位、个人承受企业股权，企业的土地、房屋权属不发生转移，不征契税；在增资扩股中，对以土地、房屋权属作价入股或作为出资投入企业的，征收契税。”

4、印花税

股权转让的征税问题。股权转让存在两种情况：一是在上海、深圳证券交易所交易或托管的企业发生的股权转让，对转让行为应按证券（股票）交易印花税3‰的税率征收证券（股票）交易印花税。二是不在上海、深圳证券交易所交易或托管的企业发生的股权转让，对此转让应按《国家税务总关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》（国税发1号）文件第十条规定执行，由立据双方依据协议价格（即所载金额）的万分之五的税率计征印花税。