公诉机关指控被告人侵犯商业秘密的举证难主要表现在两个方面：

一方面表现为权利人的不配合。往往权利人对其拥有的商业秘密不愿提供作为证据，更不愿将技术信息送交相关部门进行鉴定，这就造成行为人侵犯商业秘密证据上存在问题。

第二方面表现为，对行为人泄露的信息是否属商业秘密的鉴定问题。如果具备鉴定条件的话，有关技术信息应当委托专业部门进行鉴定。因为在审查行为人泄露的技术信息是否属商业秘密时，往往会涉及很复杂的技术问题，法官对这类专业技术又知之甚少，如何来认定该专业技术属商业秘密。在这种情况下，专业的鉴定就显得尤为重要。因为专业人员对专业技术的国内外最新情况比较了解，其通过对资料检索并进行对比分析后得出的结论，具有一定的科学性和客观性。法官是中立裁判者，据以定案的鉴定结论必须进行当庭质证并听取双方意见后，结合其他证据进行全面审查判断后决定是否采信。

一、侵犯商业秘密的主体有哪些

本罪的犯罪主体为一般主体。凡是达到刑事责任年龄且具备行为能力的自然人均能构成本罪，另外，单位也能构成本罪的犯罪主体。

对于单位犯本罪的，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依本条规定追究刑事责任。在我国，构成侵犯商业秘密罪的主体通常有如下几种：

1、公司的董事长、经理和其他管理人员、企业的职工等；

2、现已离退休或转调的原企业的人员；

3、受委托并因而知悉、掌握商业秘密的人，如律师、专利代理人、经济顾问等；

4、与该企业有过合作关系的合作方；

5、对企业有监督、检查、调查和管理权的人，比如审计人员、税务人员、主管行政机关人员、工商管理人员等；

6、除上述五种人员可能因披露商业秘密而成为主体要件外，其他任何人员均可能因盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密而成为该罪的主体；

7、依据合同或者权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的有关单位及直接责任人员。此外，为了获取和使用商业秘密与披露商业秘密的犯罪分子事先有通谋的单位或个人，应以共同犯罪论处。