因此，许多人认为，只有取消地方政府的土地管理权，实行垂直管理制度，才能遏制地方政府的违法行为。虽然这一号召已发出多年，但直到2003年底，中央才宣布实行省级以下垂直管理。这是中央对土地问题日益重视的体现，是中央对“三农”和土地问题长期关注的反映，是对原有土地管理体制的及时调整。土地管理部门要落实垂直领导管理制度，加强执法监督。地方各级土地管理部门在上一级土地管理部门的领导下，只负责本行政区域内的土地管理和监督工作。上一级土地管理部门领导的任免，不必征求下一级土地管理部门所在地政府的意见。一些国家为了加强土地的集中管理，建立健全了由国家土地管理部门垂直领导的各级土地管理机构，直接有效地对土地进行管理，指导和监督地方和个人的用地行为。如美国、新西兰、法国、日本、英国、新加坡等国按地区划分逐步设立土地管理机构。这些机构不仅直接管理辖区内的国有土地，而且有责任对地方和个人的土地利用行为进行指导和监督。为了使各级土地管理部门更好地依法行政，一些国家将土地管理体制由地方分权管理改为集中管理。例如，俄罗斯长期实行“块基”土地管理机制。虽然土地在1990年代私有化，但土地管理制度已改为“条块式”。这些都可以作为我国区域土地资源垂直控制的国际经验借鉴。

地方各级人民政府土地管理部门摆脱不了同级人民政府的领导，现行垂直土地管理体制的弊端无法根除。政府的土地利用目标应与社会的长远发展目标相一致。要实现这一目标，必须建立一个代表社会利益、注重土地资源可持续利用的制度来指导和监督政府的土地管理工作，弱化土地管理的政治色彩，弱化规划的行政干预。针对我国省级以下土地垂直管理体制面临的区域规模问题（没有从省到中央的垂直领导），要在不同地区建立这样的组织，代表中央对省级土地管理部门进行纵向领导，解决或协调决策部署过程中的问题和矛盾。以京津冀地区为例，建议在各行政区域实行垂直管理制度的基础上，两市一省共同建立京津冀都市圈土地资源资产管理协调机制，逐步建立京津冀都市圈一体化的土地资源共享机制、土地资源合作开发机制和土地资源矛盾协调机制。