制度的实施必然存在障碍，普遍管辖原则在实施过程中也不例外。一方面，由于立法体系、法律传统的差异导致各国刑事制度的不同，我国在国际犯罪的确认、刑事管辖权的确定、引渡制度的确立、外国法院判决的承认和执行、国际刑事司法协助等方面均与国际法规存在差异;另一方面，适用普遍管辖原则虽然确定了刑事管辖权，但在罪行的起诉和审理上必须取得相关国家的合作才能有效打击和预防国际犯罪。立法与司法双重障碍导致普遍管辖原则在实践的过程中困难重重。

(1)管辖冲突。

严格按照普遍管辖原则，各国都享有对国际罪行的刑事管辖权。如果各国均主张对同一国际罪行的刑事管辖权，应如何确定管辖权?虽然国际公约规定当有关国家之间不能以谈判方式解决时，其中任何一方可以交付仲裁或者提交国际法院裁决，但有些国家在加入国际条约时对这些条款加以保留，因此必然会形成刑事管辖争端。这种刑事管辖争端往往导致对国际罪行的惩处久拖不决的现象。作为一种独具特色的管辖体系，普遍管辖原则能够克服世界各国基于国家主权与国际罪行作斗争的漏洞，但在这种特殊的管辖体系内，是存在优先次序还是并行管辖、不分先后，国际刑事法规未对此作出规定。有学者研究了普遍管辖权、属人管辖权、属地管辖权与保护管辖权的冲突，从权力优先的角度分析，认为解决冲突的是应当优先适用属地管辖权、属人管辖权和保护管辖权;同时又认为，仅从普遍管辖本身出发，考虑到便利诉讼原则，对国际罪行享有管辖权的数方可以参照犯罪地国，犯罪人国、受害国、实际控制地国的依次顺序决定管辖权的实际归属。

单位犯罪的立案管辖，是指对公司、企业、事业单位、机关、团体实施的危害社会、法律规定应负刑事责任的行为，应有哪个司法机关立案追诉、划分这种立案管辖，应根据以下原则：

1、要根据犯罪嫌疑单位所涉嫌的罪名。

根据刑事诉讼法的规定，由相应的司法机关受理。

2、对犯罪嫌疑单位的立案管辖权应与对其直接负责的主管人员或其他直接责任人员的立案管辖权相一致并同案追诉。

3、划分级别管辖

根据单位直接负责的主管人员或其他直接责任人员，因实施单位犯罪而被追究刑事责任的管制相一致，也就是说如果单位直接负责的主管人员或其他直接责任人员，在实施单位犯罪依法应被判处无期徒刑以上的刑罚时，应有中级人民法院审判，那么对单位犯罪的追究也应由相对应的司法机关进行侦查和起诉。

4、在地区管辖上。

实行犯罪地管辖的原则，只有当犯罪地人民法院认为单位注册地人民法院管辖更为合适时，才可以移交注册地人民法院管辖。