补充协议和主合同冲突，以补充协议为准。补充协议可以视为合同双方主体对合同的变更协商一致了。根据相关法律规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充。

主合同与补充协议矛盾以主合同为准

1996年6月，刘先生与一房地产开发商签订了《北京市外销商品房预售契约》，购买商品房一套。预售契约规定，除不可抗力外，甲方（开发商）未按期将房屋交付，乙方（消费者）有权向甲方追索违约金；逾期60日甲方未交付房屋，乙方有权解除预售契约，甲方应向乙方双倍返还定金并将乙方已付房款及利息全部退还乙方。如因不可抗力甲方未按期交付房屋的，逾期最多不超过180日，超过时，乙方有权解除本契约，甲方应将乙方交付的定金、房价款及利息退还给乙方。同时，根据本契约未尽事项，双方可签订补充协议之规定，双方又签订了补充协议。在补充协议中约定，甲方延期交付房屋超过90日不可抗力超过180日），乙方有权在第91天起（不可抗力第181天起）的14日内通知甲方解除预售契约，并收回已支付的定金及房款。甲方收到乙方通知后，应在14日之内退还乙方已缴付的定金及房款，预售契约亦告终止。如果乙方在上述规定期限内未行使此权利，则视为乙方同意继续履行预售契约。由于购房心切，刘先生对契约与补充条款也未作太多研究。

预售契约及补充协议签订以后，刘先生交足了定金，并先后两次按约交齐预付款项。然而，开发商却在逾协议约定的房屋交付日期一年后，才将房屋建成竣工。在双方协商不成的情况下，刘先生根据预售契约之约定向仲裁庭提出了解除合同的要求，而开发商却依据补充协议认为，由于刘先生未在14日内提出解除合同，故应视为其已放弃了解除契约的权利。

刘先生的代理律师认为，补充协议中的上述规定应属无效。其理由是，补充协议中的上述内容不是对预售契约未尽事宜的补充，而是对预售契约的修订，内容含义相左。按照预售契约规定只要甲方超过90日期限，乙方随时可以解除合同。而补充协议却约定如超过14天，消费者就丧失解除合同的权利，这一规定违背了预售契约的规定。预售契约是北京市房屋土地管理监制的，是双方售房的主合同，该补充协议条款与主合同意思表示不一致的，应以主合同为准。

此外，补充协议在预售房方已违约超过了逾期交房期间，只给预购房方14天的解除合同权利时间，超过14天购房方将丧失解除合同的权利，这就意味着预售房一方可以无限期地逾期交房，而购房者只能无限期地等待，无权要求解除合同收回自己预交的房价款。根据此规定将会出现购房者交了预付款而永远住不上房、退不回钱的不合理局面。因此，补充协议该项条款违反我国民法中最基本的公平、诚实、信用原则，是商家对消费者设定的合同陷阱，应属无效条款。上述代理意见得到了仲裁庭支持，刘先生最终收回了房款及利息。

根据我国法律，订立合同双方法律地位平等，合同条款的订立是双方真实之意思表示。特别是在格式合同中，如果设有排除一方民事责任的条款，一方当事人必须履行明确告之的义务，除非另一方当事人同意，否则应认定为无效。即使合同已经双方签字生效，对于欺诈性的或显失公平的条款，在法定期间当事人仍有权向法院提出变更或撤销的请求，或在庭审中由仲裁庭、法院直接判定无效。因此，我们提醒消费者在签订商品房销售（预售）合同时要审查主合同及从合同的各项条款是否公平合理，购房前，最好请有经验的房地产律师对开发商资质、合同条款进行严格把关，并且在开发商违约时敢于运用法律武器维护自身合法权益。

《中华人民共和国民法典》第五百零九条

当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。

《中华人民共和国民法典》第五百一十条

合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。