工程结算纠纷的处理，以预算部为主，其它部门配合完成。预算部将结算资料交由相关成本控制人员进行资料符合性审核，针对资料的完整性，真实性，合理性，合法性进行详尽认真的审核，对于不符合要求，需要进一步补充的结算资料，通知工程部在要求的时间内整改，补充。预算部根据经符合性审核后的结算资料，收集相关审核依据资料。预算部专业审核人员根据完整的，符合要求的结算资料进行结算审核工作，任何部门及人员不得以任何理由无理干涉结算审核工作，以免影响结算审核的客观真实性，公正性，合法性与合理性，在结算审核过程中，根据结算审核工作需要由相关部门，人员，进行配合的，相关部门，人员应积极配合，不得以任何理由拒绝，推诿，否则承担相应责任。结算经过初审后，进行全面，详细复核，调整，使结算符合客观事实，做到真实，精确，科学合理，公正合法。

一、竣工结算的主要作用有哪些

（1）对确定作为结算对象的工程项目容作全面认真的清点，包括工程形象、实物数量和工程质量，都必须符合设计技术要求，并备齐结算依据和基础资料。

（2）分别以单位工程为基础，对原预算主要内容逐项校核或调整，从定额的套用和材料价格计算方面，审核是否符合规定，计算是否正确，如有错误应改正；从取费项目、标准和计算程序方面，审核是否符合规定，不符合者予以调整或重新计算；从预算书的分部分项内容构成方面，以施工图设计为依据，审核工程量计算有无漏项和重复计算。

（3）清理设计修改、工程变更手续，并将据以编制的补充修正预算，分别归人相应的单位工程预算书，然后得出金额小计。

（4）按施工程序排列，将单位工程结算金额汇成单项工程结算书。

（5）拟写竣工结算书文字说明，主要内容为结算书的工程范围、结算依据、存在问题以及其他必须加以说明的事宜。

（6）竣工结算书草稿经结算双方确认后，根据需要与可能，采取打印或复写方式出版，双方签字盖章，分送上级机关、建设单位、施工单位、建设银行和其他有关单位。

二、质保金是不是属于工程款

质保金不属于工程款。发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的百分之三。合同约定由承包人以银行保函替代预留保证金的，保函金额不得高于工程价款结算总额的百分之三。

工程款支付流程：

1、预付款流程，由施工单位提交《预付款支付申请表》给预算专员，预算办根据合同约定审核预付款，签署申请表然后交给财务部；

2、进度款支付流程，施工单位先向工程部提交申请表，并附上已完工程的预算书；工程部审核当月完成的项目及相关工程量，审核完毕由工程部经理签字后交到预算专员。