公司经营过程中会发生公司僵局，在公司自行清算中也会出现清算僵局。这种僵局可能因为清算组成员的意见分歧无法形成清算方案或者股东会意见分歧无法通过清算方案而导致清算无法继续进行。对比公司自行清算和强制清算，在强制清算中，由人民法院指定有关人员成立清算组，清算组相对独立。清算组成员可以从公司股东、董事、监事、高级管理人员，依法设立的律师事务所、会计师事务所、破产清算事务所等社会中介机构，依法设立的律师事务所、会计师事务所、破产清算事务所等社会中介机构中具备相关专业知识并取得执业资格的人员中产生。清算组成员与清算公司股东身份相对分离，不易产生分歧和混同;而且清算方案由人民法院通过公权力加以确认，也不易出现久拖不决的现象。而在公司自行清算状况下，有限责任公司的清算组由股东组成。虽然将公司视为一堆财产、一个谋利工具而视公司为股东所有物的公司法哲学伦理已经式微，但不能否认，公司是营利法人，股东向公司出资的主要目的之一是通过公司的运作实现盈利，股东更多关注的是其个人的利益。但股东一旦成为清算人，其要面对的是众多利益相关者，不仅仅是其作为股东的个人利益，也包括公司全体股东的利益、公司的整体利益、债权人的利益及其他利害关系人的利益(如公司高级管理人员、职工甚至清算组、清算组其他成员利益和其作为清算组成员的利益)，诸多利益纠结于一身。在公司的自行清算中，绝大多数是因为公司经营目的不能实现或大部分不能实现而解散进入清算。因公司经营目的不达，加之利益纠葛之错综复杂，公司自行清算易出现清算僵局。笔者参与了鞍钢集团福建龙安钢铁有限公司自行清算的整个过程，龙安公司于2009年3月正式成立清算组组织清算，至2011年方形成清算方案。历时两年有余，清算方有眉目，其过程着实不易。

克服清算僵局的有效方法是加强对自行清算的监督。公司法司法解释(二)第七条第二款仅规定了两种由自行清算向强制清算过渡或转化的情形。对于公司解散后虽然成立清算组，但故意拖延清算或违法清算可能严重损害债权人或股东利益的，债权人可以申请人民法院指定清算组进行清算的，人民法院应予受理。在上述情形下，公司可以由自行清算转入强制清算。但上述规定并不能实现公司自行清算僵局的充分救济，对于故意拖延清算、严重损害债权人或股东利益的界定难于举证、认定和操作。公司清算制度不仅仅是保护公司债权人、公司股东利益的法律制度，同样也以维护社会经济效益和秩序为目的。笔者建议细化清算僵局的界定、扩大自行清算向强制清算转化的范围，促使清算的尽快完成，防止久清不决造成不必要社会损失。通过扩大自行清算转化强制清算的范围，使自行清算、强制清算、破产清算三者紧密衔接，共同形成完善、科学、规范的市场退出机制。

笔者认为，在自行清算中发生以下情形时可以由自行清算转入强制清算：

1、清算组内部意见分歧对清算事务长期不能达成一致意见，清算组不能形成一致的清算方案的;

2、清算组制订的清算方案在较长期限内不能得到股东会或股东大会表决通过的;

3、应就自行清算确定合理的清算期限，对于清算期限长期拖延，且自行清算无明显实质性进展时，可以转入强制清算。