当工程按合同执行亏了的话，那只能从几个方面着手：

1，协议书是否有违反国家法律法规条款或有不平等项，可到工商等相关部门鉴定此为无效合同，重签，这个可能性太小了；

2，找出合同的漏洞，做出有利的补充合同或变更补充条款；3与建设单位搞好关系，多做几个经济签证，这个是最可行的。

一、可以签补充协议的情况有哪些

签订补充协议主要有以下几种情况：

一、合同遗漏了一些事项，需要事后补充完善；

二、合同的某些条款约定不明确，需要进一步澄清、明确的；

三、修改、变更合同约定的事项、内容。

补充协议与主合同具有同等效力，而且由于其签订时间在后，补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。

二、合同生效后双方能否再进行补充

补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。签订合同之后，发现内容还需补充的，可以拟定合同补充协议。合同补充协议的拟定需要注意几个必备信息：一是双方当事人的基本信息需全面具体；二是说明拟定补充协议的原因；三是协议补充的内容或变更的内容。

三、签商品房买卖合同有什么规定

（1）在合同中，应注明与开发商谈定的付款方式：是一次性付款还是按揭付款（或分期付款），最好注明如申请不到银行按揭时订金等预付付款的处理办法。（2）明确注明房屋面积：所购面积要明确注明销售面积（或分摊的公用面积）是多少，实际使用是多少。如面积误差超过约定范围，购房者有权退房并追缴利息损失。（3）对交楼日期要有严谨、具体的规定：务必将开发商交付房屋的日期写明确，具体到某年某月某日，不要用模棱两可的措辞来表达。如果开发商在约定的时间不交房，则可以按照此条款追究其违约责任。（4）明确煤气通气的准确时间：合同中要写明煤气通气的准确时间，或写明因入住率不够而不能按时通气时，开发商应采取什么应急办法。（5）明确产权证发放到购房者手中的准确时间（6）认真查核合同附件，注意房屋平面图与所购房屋是否一致：注意是否标明各居室、客厅、厕所的面积；所购房屋的建筑结构、装修及设备的材料、品牌和型号是否确定。（7）约定设计变更时如何承担责任：合同中应明确写明房屋建造中如果出现设计变更，新的设计方案应在多长时间内通知购房者，如果购房者要退房应在多长时间内提出，以及卖方应该在多长时间内退款及付其利息。（8）仔细研读补充条款的内容：如果购房者认为《商品房买卖合同》内容仍不够详细，可以再签订一个补充协议，把双方认为应该约定的内容规定在补充协议中。协议内容应该公正，双方权利与义务必须对等。应当注意的是，有的开发商事前已拟好了补充协议，这些协议多是按开发商单方面意愿拟定的，其中包含不少不平等的内容，购房者应多加注意。仔细研读补充条款，注意补充条款是否与正式合同相抵触，对不同意的条款可以提出修改，自己有什么需要补充的也可以提出。因为任何合同在正式签订前都是可以修改的。避免疏忽而带来不必要的经济损失或民事纠纷。