一、主债务已过诉讼时效抵押权怎么办？

根据《民法典》第四百一十九条抵押权人应当在主债权诉讼时效期间行使抵押权;未行使的，人民法院不予保护。

虽说主债务已过诉讼时效，抵押权人丧失的是抵押权受人民法院保护的权利(即胜诉权)，而抵押权本身并没有消灭，如果抵押人自愿履行担保义务的，抵押权人仍可以行使抵押权。

二、主债务诉讼时效期间届满的之后会怎么样

1、债务人可以不履行债务;

2、债权人丧失胜诉权。债权人告到法院，如果法院审查认为没有正当理由而时效已过的话，就不能判他胜诉。在法学上，将已过诉讼时效的债务称为“自然债务”。

3、诉讼时效届满后，债务人由于不知道时效规定或者明知道时效规定而自愿履行债务的，不得又以时效已过为由请求返还。

4、诉讼时效期满的债权可以用来抵销其他债务。

5、诉讼时效期间同时适用于主债和从债。

二、债务的诉讼时效是多久？

《民法典》

第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

第一百八十九条当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间自最后一期履行期限届满之日起计算。

第一百九十条无民事行为能力人或者限制民事行为能力人对其法定代理人的请求权的诉讼时效期间，自该法定代理终止之日起计算。

第一百九十一条未成年人遭受性侵害的损害赔偿请求权的诉讼时效期间，自受害人年满十八周岁之日起计算。

第一百九十二条诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。

诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩;义务人已经自愿履行的，不得请求返还。

第一百九十三条人民法院不得主动适用诉讼时效的规定。

综合上面所说的，主债务的保护也是有时间限制的，如果对于主债务的诉讼时效已经超过，那么所存在的抵押权也会随之消失，但这消失的只是胜诉的权利，只要有合法的证据同样也可以主张自己的权利，但是否会胜诉那么这就要看自己的证据是否合理、合法。