住房公积金从员工工资中扣除。具体规定是：

1、职工缴纳的住房公积金，由所在单位每月从工资中代扣代缴；

2、单位应当自每月支付职工工资之日起5日内，将单位缴纳的住房公积金和职工缴纳的住房公积金汇入住房公积金专户，委托银行计入职工住房公积金账户。

住房公积金是指国家机关和事业单位、国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业和事业单位、民办非企业单位、社会团体及其在职职工，对等缴存的长期住房储蓄。

住房公积金怎么扣法

住房公积金扣法：

1、个人住房公积金扣款的确定职工住房公积金月缴存额包括单位部分和个人扣款部分；

2、单位扣款部分以缴存基数乘以单位缴存比例计算，个人扣款部分以缴存基数乘以个人缴存比例计算；

3、单位为职工缴纳和职工个人需扣款的住房公积金的缴存比例均不得低于缴存基数的百分之五，都不可以多于缴存基数的百分之二十；

4、只能选定一个缴存比例作为公司的标准，住房公积金由单位为职工缴纳和职工个人缴纳的缴存比例应当相同；

5、职工和单位各缴纳一半，一般为个人工资总额的5％至12％。

国家规定，职工和单位住房公积金的缴存比例均不得低于职工上一年度月平均工资的5％；有条件的城市，可以适当提高缴存比例。另外，住房公积金与本人上年平均工资相关，与工龄、本单位工作年数等都无关。住房公积金的扣除计算，住房公积金月缴存额按个人月缴存额与单位月缴存额的合计数确定。具体计算方法为：

1、个人月缴存额＝缴存基数乘以缴存比例（元以下四舍五入）

2、单位月缴存额＝缴存基数乘以缴存比例（元以下四舍五入）

3、合计月缴存额＝个人月缴存额＋单位月缴存额

住房公积金缴存基数最高不得超过市统计部门公布的职工月平均工资的3倍；最低不得低于2014年市人社部门规定的职工最低社会保险费征收基数。

《住房公积金管理条例》第二十条单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。

对缴存住房公积金确有困难的单位，经本单位职工代表大会或者工会讨论通过，并经住房公积金管理中心审核，报住房公积金管理委员会批准后，可以降低缴存比例或者缓缴；待单位经济效益好转后，再提高缴存比例或者补缴缓缴。

《住房公积金管理条例》第十九条职工个人缴存的住房公积金，由所在单位每月从其工资中代扣代缴。

单位应当于每月发放职工工资之日起5日内将单位缴存的和为职工代缴的住房公积金汇缴到住房公积金专户内，由受委托银行计入职工住房公积金账户。