我国破产法对于债权的确认在程序上比较严格，不仅是以债权人主动申报为前提，而且申报期也是受限制的。已知债权人的申报期为收到书面通知后一个月内或三十日内(《企业破产法》与《民诉法》规定略有不同);未收到通知的债权人的申报期为自公告之日起三个月内。逾期未申报债权的，视为自动放弃债权。无财产担保的债权适用上述规定并无异议，那么有财产担保的债权是否也应适用呢?但破产法的相关条文中并没有明确应当区分适用，从《企业破产法》第九条第二款的规定来看，债权人应当在，向人民法院申报债权，说明债权的数额和有无财产担保，并且提交有关证明材料。逾期未申报债权的，视为自动放弃债权，从字面含义及逻辑上判断，有财产担保的债权也应当适用该规定。但笔者认为，有财产担保的债权(别除权)的申报应与无财产担保的债权(普通债权)区别对待，别除权人无须进行债权申报。

根据我国破产法规定，有财产担保的债权并不属于破产债权。所以在破产法的许多条文中，对于债权和债权人的表述，一般将其理解为破产债权和破产债权人较为妥当。另外，从别除权不依破产程序受偿的原则来看，在破产期间，别除权人完全可以自行实现权利，无需象普通债权人一样借助债权申报以参加破产分配来获得受偿，当然作为前提，别除权必须为真实有效且无争议的。因而，别除权人无须进行债权申报，债权申报对于别除权人而言不是必要的确认程序，更不能因其不申报或逾期申报而产生自动放弃债权的法律后果。但实践中，别除权人大多会主动进行申报，其原因主要有：一是担心清算组或破产法院不知其权利而擅自处置其担保物;二是为避免因别除权最终未被清算组或破产法院认可，而又超过普通债权的申报期间造成债权损失。前一种情形，别除权人的主动申报有助于清算组全面清理和了解破产企业资产状况，但不应以此为由强制别除权人申报。后一种情形，实际上并不是真正意义上的别除权申报，但对于特别是未经诉讼程序认可且有争议的主张别除权的债权人而言，申报是保障其债权不受损失的重要途径与措施。

实践中，别除权人通过别除权的行使完全实现其债权的情形并不多见。而对于行使别除权后仍不能受偿的债权部分，根据破产法的规定应当作为普通债权参加破产分配，但法律没有特别规定该部分债权是否应当以申报为原则，也没有规定申报的期限、逾期申报或不申报的法律后果等。笔者认为，既然这部分债权性质为普通债权，那么应当以申报为确认原则。但对于申报期限，如果完全适用一般普通债权的申报程序会存在一定障碍。由于该部分债权数额的确定依赖于别除权的行使，而别除权的行使一般需时较长，在收到通知之日起一个月内(或三十日内)或者公告之日起三个月内都有可能无法完成变现。因此，建议立法对该部分债权的申报期限作特别规定，申报期可以延长至破产分配前。但破产分配裁定作出后，尚未申报的或逾期申报的应当视为自动放弃债权。当然别除权人在破产终结后行使权利的，因破产分配已经完毕，其未得到清偿的债权部分也不再清偿。在相应的破产程序方面，清算组于破产受理后应当书面通知别除权人，限期其表明是否在破产期间行使别除权变现担保物的态度，并告知其必须在破产分配前申报行使别除权后尚不能受偿的债权部分，逾期未申报的，视为自动放弃该部分债权。