一、损失的计算依据应当根据侵犯商业秘密的损害结果样态的不同而有所区别

1、关于损失数额的计算，虽然刑事司法解释及相关文件没有规定，但有关的民事司法解释有所涉及，可提供参考。

2、2007年《最高人民法院关于审理不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》（以下简称《2007年解释》）第17条规定，确定反不正当竞争法第10条规定的侵犯商业秘密行为的损害赔偿额，可以参照确定侵犯专利权的损害赔偿额的方法进行

3、（2001《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》中确定了侵犯专利权的损害赔偿的计算方法，主要是将销售利润或者许可使用费作为计算依据），因侵权行为导致商业秘密已为公众所知悉的，应当根据该项商业秘密的商业价值确定损害赔偿额。商业秘密的商业价值，根据其研究开发成本、实施该项商业秘密的收益、可得利益、可保持竞争优势的时间等因素确定。

二、侵犯商业秘密罪的损失数额应当仅限于直接经济损失

1、一是在经济犯罪案件计算被告人的行为给被害人所造成的损失时，一般都只考虑直接经济损失

2、二是间接损失（如可得利益等）是一种可能发生也可能不发生的损失，或者与被告人行为不存在必然因果关系的损失，损失数额属于犯罪事实的一部分，直接影响到被告人的定罪量刑，根据犯罪行为与犯罪结果之间的传统因果关系理论，一般也只能认定直接经济损失；

3、是实践中侵犯商业秘密的间接损失难以确切的证据加以证明，在证据上无法满足确实充分的要求，这也是实践中一般不考虑间接损失的一个重要原因。

三、侵犯商业秘密罪损失计算具体方式

1、以商业秘密权利人因侵权行为遭受的损失作为定罪量刑和实际赔偿的依据。商业秘密权利人可计算的财产、收入方面的损失应全部作为损失的数额。这里既包括权利人本身的收入，也包括权利人预期的若干年内收益。

2、商业秘密的开发投入、商业秘密的成熟程度、商业秘密的利用周期及其是否可以重复利用，以及商业秘密的使用和转让、市场的供求状况等。

3、以侵权人因侵权行为获得的利益作为损失和赔偿额。这种损失的计算以侵权人未再向第三人披露、转让和不为其他公众所知为前提。对于非法将商业秘密出卖给他人的，以其非法出卖收入为损失额；违法使用商业秘密进行生产经营活动的，以其因此获得或增加的利润为损失额。