分公司注销后，其债权债务应由设立该公司的上级公司来承担。

根据法律规定，分公司没有独立法人资格，不能独立对外承担民事责任。如果分公司被注销的，分公司所遗留的债权债务都应该由设立该分公司的上级公司来承受。

分公司账务处理方法；

1、分公司不具备独立法人资格，其所有对外的债权债务均应由总公司承担。但一般分公司都是相对独立开展业务，在注销时应由总公司对其进行清算，并接收其资产、债权和未了结的债务。通过清算形成清算报表，确认盈亏，并报当地主管税务机关认可，总公司据此作相应的账务处理。

2、总公司按合并报表的方式，以其净资产（亏损额）与总公司账面的拨款相抵并确认亏损。同时应将应承接的债权、债务一并并入总公司账内。

3、在确认亏损时涉及总、分公司的所得税问题，应多与税务联系（特别是总公司）

4、最后注销分公司的营业执照／税务登记证／组织机构代码证附注：注销税务登记，需要资料：税务登记证正副本、发票及发票领购本，填写注销申请表。先注销国税，再注销地税；注销营业执照，先做公告，带营业执照正副本。税务注销证明、填写注销申请表、最后注销组织机构代码证，带营业执照、税务登记、银行账户注销证明。

一、有限公司分公司注销流程

1、公司法定代表人、指定代表或者共同委托代理人签署并加盖公司公章的《分公司注销登记申请书》；

2、公司签署、加盖公司公章并粘贴指定代表或共同委托代理人身份证复印件的《指定代表或者共同委托代理人的证明》，应标明具体委托事项、权限、委托期限。指定代表或共同委托代理人要提交身份证原件（供当场确认使用）。

3、公司出具的注明分公司注销原因的注销决定。

4、分公司的《营业执照》正、副本。

5、分公司完税证明。您所说的“税务系统中好象还处于非正常状态”如是指没有进行税务登记，可以提交领取营业执照时工商登记机关核发的办理税务登记使用的那联“分公司登记核准通知书”作为证明。

6、分公司如单独开设有银行账户的，还需提交银行清户证明。

7、分公司公章。

二、分公司注销需要印花税吗

印花税本来就是在公司注册还是注销的时候都是要缴纳的，只要产生了相关的票据或者合同文本之类的，就需要缴纳印花税。但是分公司毕竟不同于子公司的性质，分公司不是独立的法人，所以，分公司注销交印花税问题具有特殊性。

分公司注销，独立核算需要税务清算，就要交印花税；非独立核算不需要税务清算，就不要交印花税。

全部资产处置所得＝资产交易价格或可变现价值－资产计税基础－税前允许的税金及附加。税前允许的税金及附加，是指处置资产过程中缴纳的营业税、城建税、教育费附加、印花税、土地增值税等，不包括可以抵扣的增值税和企业所得税。