非法经营罪中的“违法所得”，是指获利数额，即以行为人违法生产、销售商品或者提供服务所获得的全部收入(即非法经营数额)，扣除其直接用于经营活动的合理支出部分后剩余的数额。主要理由如下：

1、对非法经营罪中违法所得数额的认定，我国司法、行政机关主张“获利说”原则。比如，《最高人民法院关于审理生产、销售伪劣产品刑事案件如何认定“违法所得数额”的批复》规定，“违法所得数额”是指生产、销售伪劣产品获利的数额；《最高人民法院关于审理非法出版物刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第十七条也规定，本解释所称“违法所得数额”是指获利数额。

而且，国家工商行政管理总局的《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》第二条也明确规定：“工商行政管理机关认定违法所得的基本原则是：以当事人违法生产、销售商品或者提供服务所获得的全部收入扣除当事人直接用于经营活动的适当的合理支出，为违法所得。”当然，尽管我国适用“获利说”原则，但同时也有例外，即对一些社会危害大或违法成本难以计算的违法犯罪行为，可以其销售收入为违法所得。但是，这种例外，应当有法律、司法解释的明确规定。而不是如第二种意见所言，如果法律、司法解释没有明确限制，就应当将全部销售收入认定为违法所得数额。

2、刑法及有关司法解释是在不同意义上使用“非法经营数额”和“违法所得数额”这两个概念的《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(二)》也对这两个概念作了区别，明确规定，“非法经营证券、期货、保险业务，数额在三十万元以上的”或者“违法所得数额在五万元以上的”，应予立案追诉。如将“违法所得数额”混同于“非法经营数额”，势必会引发认识混乱，并影响对相关案件的正确处理。尤其是在规定对非法经营证券业务行为中“违法所得数额”和“非法经营数额”作了明确区分的情况下，仍以“如果要求扣减经营成本，不仅难以调查取证和正确计算违法所得的具体数额，也影响办案效率，不利于及时有效地惩处非法经营证券业务行为”为由，将非法经营数额认定为违法所得数额，显然是不当的。