国家赔偿费用由各级政府财政开支，由各级财政部门拨款，由赔偿义务机关向请求权人支付。其程序是：

首先，请求权人持赔偿协议书或凋解书、判决书向赔偿义务机关请求支付赔偿金，赔偿义务机关不得以任何理由拒绝或拖延支付。否则，请求权人可以向法院申请强制执行。

其次，赔偿义务机关根据法律文书规定的金额支付赔偿金。如果各级政府是赔偿义务机关，应当将赔偿金直接从准备金账户中提出交付请求人，或通知银行将赔偿金直接拨至请求权人的账户内，如果赔偿义务机关是各级政府所属部门或其他国家机关的，除按上述程序支付赔偿金外，赔偿义务机关还应将请求权人的请求支付书及有关法律文书送交政府备案。

最后，请求权人在领取赔偿金时，应当填具收据或其他证明文件，赔偿义务机关应当将收据或者其他凭证的副本报送同级财政机关。

国家赔偿费用支付中，往往会出现赔偿金预算与赔偿金使用结果不符的结果，或者年终有余，或者经费不足。由于国家赔偿金是专款专用，每一项都有具体的使用范围，不能将结余部分与其他行政费的结余一样处理，只能将全部结余转入下一年度继续专项使用。对于经费不足，可以采取两个办法予以补救：

一是动支预备费。各级财政为应付临时性急需或事先难以预料的开支设置了预备费，国家赔偿费用不足部分，可经一定手续批准动用预备费，以保障受害人得到赔偿。

二是追加预算，在原来已核定的赔偿总额外增加数额，以弥补赔偿金的不足。追加预算应由财政部门向上级财政部门提出报告，经审核后转报国务院或同级人民政府批准。

我国国家赔偿经费的管理，主要由1995年1月25日国务院发布的《国家赔偿费用管理办法》规定：

(1)国家赔偿费用，列入各级财政预算，由各级财政按照财政管理体制分级负担。国家赔偿费用由各级财政机关负责管理。当年实际支付国家赔偿费用超过年度预算的部分，在本级预算预备费中解决。

(2)国家赔偿费用由赔偿义务机关先从本单位预算经费和留归本单位使用的资金中支付，支付后再向同级财政机关申请核拨。申请核拨国家赔偿费用或者申请返还已经上交财政的财产，应当根据具体情况，提供相应的文件和文件副本。

(3)财政机关审核行政赔偿的赔偿义务机关的申请时，发现该赔偿义务机关因故意或者重大过失造成国家赔偿的，或者超出国家赔偿法规定的范围和标准赔偿的，可以提请本级政府责令该赔偿义务机关自行承担部分或者全部的国家赔偿费用。

(4)各级财政机关应当加强对国家赔偿费用的监督管理，建立健全国家赔偿费用的管理和核拨制度。

此外，国家赔偿法规定，赔偿请求人要求国家赔偿的，赔偿义务机关、复议机关和人民法院不得向赔偿请求人收取任何费用。不论最终处理结果如何，均不得收取案件受理费、勘验费、鉴定费等一切开支和费用。以上所有费用均由赔偿义务机关、复议机关和人民法院自行负担。对赔偿请求人取得的赔偿金也不予征税，即赔偿请求人获得的赔偿金不用缴纳任何税款。