一、农村宅基地已经确权但是有争议如何办

1、宅基地确权有争议可以通过协商解决，或者请求村民委员会、乡镇人民政府调解解决；当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的可以向仲裁机构申请仲裁，对处理决定、仲裁结果不服的可以直接向人民法院起诉。

2、法律依据：《土地管理法》

第十四条

土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。

二、拆迁时宅基地有纠纷怎么处理最好？

1、拆迁时宅基地有纠纷可以采取的处理方式包括协商、起诉、申请调解、以及申请仲裁等。

（1）因农村宅基地房屋动迁补偿发生纠纷的双方当事人可以通过协商解决；

（2）调解，通过村委会调解解决纠纷；

（3）仲裁，当事人不愿协商、调解或协商、调解不成的可以向仲裁机构申请仲裁；

（4）诉讼，根据纠纷内容直接向人民法院提起诉讼。

2、在确定宅基地房屋权属时，应综合考虑土改证、宅基地使用证、建房用地审批等文件上核定的人员。

以及房屋新建、翻新、改扩建等情况。

（1）系争房屋经土改登记，未经农村宅基地使用权登记及未新建、翻建、改扩建的，以土改时登记的权利人为房屋的权利人。

（2）系争房屋经土改登记及农村宅基地使用权登记，未进行新建、翻建、改扩建的，以土改登记及农村宅基地使用权证核定人员为房屋的权利人。

（3）系争房屋虽经土改登记，但在宅基地使用权登记前后新建、翻建、改扩建的，以农村建房用地审批文件和农村宅基地使用权证核定人员为房屋的权利人。当事人以土改登记为证据主张房屋产权的，不予支持。

有充分证据表明上述三种情况所列人员已被排除在权利人范围之外的，不能再主张权利。

三、农村申请宅基地的流程是什么？

（1）申请。申请人持申请材料向当地村委会提出书面用地申请。村委会应当在每一个季度集中申请材料，依法召开村委会或村民代表大会进行审议，并张榜公布，在张榜公布之日起15个工作日内本村村民未提出异议或者异议不成立的，上报给乡镇国土资源所初审。

（2）现场勘查。乡（镇）人民政府组织国土资源所进行现场勘查和群众调查，审查建房用地和建设申请条件，并制作勘查笔录和审查意见书。

（3）填申请表。国土资源所初审合格后发放《农村村民住宅用地与建设申请表》。

（4）村委会审查。村委会对申请人提交的《农村村民住宅用地与建设申请表》进行审查并签署意见，证明申请人的原住宅用地情况和家庭成员现居住情况，由负责人签字，同时加盖村民委员会公章，报乡（镇）人民政府审核。

（5）审核上报。乡（镇）人民政府在收到村委会上报的住宅建设用地申请材料后完成审核并现场确定规划用地范围，并报县国土资源局初审。县国土资源局对符合审批条件的上报县人民政府。

（6）审批。县人民政府批准用地的，由县国土资源局颁发《建设用地批准书》。

（7）放样。由国土资源所牵头协同乡镇政府人员根据《建设用地批准书》和《村镇建设工程规划许可证》到实地放样，划定范围，填写《放样记录卡》，放样参加人应当在《放样记录卡》上签字。放样后，用地申请人方能动工建设。

（8）验收发证。新建、改建、扩建农村村民住宅，应当自房屋竣工验收合格之日起30个工作日内依法申请办理土地初始登记或者变更登记手续和房屋产权登记手续，领取土地使用权证书和房屋所有权证书。

《中华人民共和国土地管理法》（2019修正）：第二章　房地产开发用地 第一节　土地使用权出让　　第十四条　土地使用权出让最高年限由国务院规定。