一、公司跟员工协商解除劳动合同赔偿金计算依据是怎样的?

公司跟员工协商解除劳动合同要支付的是补偿金。

《中华人民共和国劳动合同法》

第四十七条【经济补偿的计算】经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

二、解除劳动合同补偿金与赔偿金之间的区别是怎样的?

(一)适用的条件不同

1、适用经济补偿金的条件：

(1)劳动者依法解除劳动合同的;

(2)用人单位向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的;

(3)用人单位非过失性辞退劳动者;

(4)用人单位依法裁员;

(5)劳动合同到期终止。用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订合同，劳动者不同意续订的除外;

(6)特殊情形下用人单位停止经营而导致下劳动合同终止;

(7)法律、行政法规规定的其他情形。

2、适用赔偿金的条件

在《劳动合同法》及相关法律法规规定的情形之外，用人单位单方面解除或终止劳动合同的，也就是说，用人单位解除劳动合同没有法律依据的，即“违法终止或解除”，劳动者可以选择：

(1)要求继续履行劳动合同;

(2)不要求继续履行劳动合同，直接要求用人单位支付赔偿金。当用人单位违法终止或解除劳动合同的，劳动者如果选择继续履行劳动合同的，无权再要求用人单位向其支付赔偿金。但是在劳动合同客观上不能继续履行的情况下，则仲裁员或法官可以裁决用人单位支付赔偿金。

(二)计算方法不同

1、经济补偿金的计算。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

2、赔偿金的计算。用人单位违法解除或终止劳动合同，劳动者不要求继续履行劳动合同或劳动合同已经不能履行的，用人单位应当按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。

事实上，如果公司没有任何正当理由跟员工协商解除劳动合同，员工也可以拒绝，公司违法解除劳动合同的话需要支付赔偿金，违法解除劳动合同的赔偿金是按照补偿金的双倍计算的，若职工同意，公司也应该按照法律规定支付经济补偿金。