农村小产权房已经购买的根据情况的不同有不同的处理方式：

1.如果已签了合同但尚未取得产权证明，并且该房屋系在集体土地上建设，且购房者非当地居民，鉴于可能的政策风险和法律风险，可以请求解除合同并退回已支付的购房款；

2.对于已经购买了集体土地上建造的房屋并取得了当地乡政府颁发的产权证明或土地使用证明的，可以自己居住或者出租，或者出售给有当地户口的居民；

3.如果购买了当地居民的农民房或从他人手上购买了有产权证明的红证房,房款已经支付且已经入住，但无法办理过户的，则要视具体情况而定。

4.如果是在建的集体建设用地上的商品住宅项目，在委托专业机构评估市场风险和法律风险之后，则应当按照现有的土地管理规范，完成土地征用手续，并按照商品住房项目的规定手续报批，采取可能的补救措施。

一、审查二手房的实际状态，转让的房屋属于法律限制转让的将导致合同无效

1、审查转让的房屋是否违反规划、未取得土地使用权证、工程未经竣工验收、未能办理合法的销售手续等原因不能办理房屋合法产权的房屋。

比如集体土地上建设的小产权房屋，因没有办理土地征用手续，没有取得土地使用权证，是法律禁止上市销售的房屋。违章建筑也属于此类房屋。

2、审查转让的房屋是否属于经济适用房。

如果转让的房屋属于经济适用房有可能导致合同无效。由于各地对经济适用房转让的规定各不相同，因此必须明确该经济适用房是否属于可转让的范围。

3、审查转让的房屋是否被依法查封。

依据《中华人民共和国城市房地产管理法》：下列房地产，不得转让，其中第（二）项规定：司法机关和行政机关依法裁定、决定查封或者以其他形式限制房地产权利的。因此，如果转让的房屋在转让合同签订前依法被查封的，很可能会被法院认定合同无效。

4、城镇居民不得购买农民的住宅。

虽然我国现行的法律没有明确禁止城镇非农业户口居民购买农村居民的房屋，但是国务院出台的很多文件却明确禁止此类交易。

1999年《关于加强土地转让管理严禁炒卖土地的通知》：农民的住宅不得向城市居民出售，也不得批准城市居民占用农民集体土地建住宅，有关部门不得为违法建造和购买的住宅发放土地使用证和房产证。

2007年《国务院办公厅关于严格执行有关农村集体建设用地法律和政策的通知》强调：农村住宅用地只能分配给本村村民，城镇居民不得到农村购买宅基地、农民住宅或小产权房。单位和个人不得非法租用、占用农民集体所有土地搞房地产开发。

2008年《中共中央、国务院关于切实加强农业基础建设进一步促进农业发展农民增收的若干意见》则重申：城镇居民不得到农村购买宅基地、农民住宅或小产权房。受到这些国家政策的影响，有些地方性法规和规章也直接或间接地禁止城镇居民购买农村房屋。

二、购房合同遗失如何补办

1.向开发商说明情况，与开发商协商解决，最好能重新签订购房合同，并就所支付购房款事宜要求开发商出具相关证明。

2.若已经办理了过户登记手续，就从法律上杜绝了因不慎丢失所带来的隐患，只需补办丢失的材料就可以了。

3.如果购买的是期房并且没有办理房产登记，可以到当地人民政府房地产管理部门和土地管理部门查询。