土地承包经营权入股，是农村土地流转模式的一大突破。农村土地承包经营权入股，突破了体制与机制的障碍，备受理论界与实践界的关注。理论界以及政府的谨慎和实践中的未真正施行状态，最根本在于土地承包经营权入股深陷法律的困境。其法律困惑主要有以下几点：

（一）农村土地承包经营权的评估作价问题

土地承包经营权入股设立公司，首先面对的就是承包经营权评估作价的问题。在我国，土地承包经营权并没有真正意义上在市场进行流通，因而土地承包经营权的评估、土地承包经营权市场价格的确认既是法律上的一个困境，也是技术性的难题。土地承包经营权入股政策势必会产生土地权能估价的问题，面对承包经营权的估价还没有先例可行

③。重庆市工商局为推进、规范土地承包经营权入股设立公司的进程而出台的《关于农村土地承包经营权入股设立公司注册登记有关问题的通知》中，规定以农村土地承包经营权或者其他非货币财产出资的，应由会计师事务所进行资产评估，并根据资产评估结果进行验资、登记机关在核定公司注册资本时，应当在公司营业执照的注册资本和实收资本栏目加注（农村土地承包经营权作价出资××万元），这种笼统性的规定只能在一定程度上规范土地承包经营权评估，而无法切实地解决这一问题。

（二）农村土地承包经营权入股设立公司的破产引发失地风险

根据现行公司法的规定，农村土地承包经营权入股设立公司，则土地承包经营权作为投入的资本，与土地承包经营权人分开，承包经营权人作为股东享有股权。作为公司，就存在着破产的风险。尽管《通知》中对此类公司的设立设定了一系列的准入门槛进行限制，诸如农民自愿、不改变土地用途、公司营业期限不超过入股农民第二轮农村土地承包的剩余期限、选择的产业项目前景良好、有龙头企业参与、有能人带头领办、区县政府支持等等，但这些限制性的条件只能在一定程度上降低投资的风险，而无法完全地避免风险。现行的法律法规中，没有对农民的土地承包经营权予以特别保护，因而这类公司破产的时候，以土地承包经营权入股的农民，可能会丧失土地承包经营权。考虑到我国农村土地从来就具有社会保障的功能，承包土地权利也从来不是一种单纯的财产权利

④，土地承包经营权入股设立的公司破产，如果农民股东所承受的债务超过了土地入股后的收益，可能会导致农民土地的丧失，这个结局不仅农民难以接受与承受，政府也不希望出现，因为可能会导致更多更深层次的社会矛盾。

（三）农村土地承包经营权设立的公司潜伏着不稳定的因素

农村土地承包经营权入股设立公司，这是对公司法的一种突破。土地承包经营权作为资本投入到公司，作为一种新的资本形态，因而也决定了此类公司的特殊性，有必要对该资本形态进行分析。

中华人民共和国宪法第十条规定：城市的土地属于国家所有。农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于集体所有；宅基地和自留地、自留山，也属于集体所有。关于土地的转让和征用，宪法规定，国家为了公共利益的需要，可以依照法律规定对土地实行征用。任何组织或者个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。土地的使用权可以依照法律的规定转让。从宪法及法律的规定来看，农村土地是可以转让的，关键是看转让的渠道和方式是否合法。重庆市工商局出台《实施意见》，也就从政策的层面上承认了这一转让的合法性。然而，土地承包经营权毕竟不同与其他公司资本形态，土地承包经营权牵涉到承包期限的问题，同时国家还可能随时出于公共利益的需要而进行征用，这就给以土地承包经营权入股设立的公司潜伏了一些不稳定的因素。不稳定因素的存在，直接影响了此类公司的长期发展。