社保部门不能拒绝支付保费欠缴期间的工伤赔偿理由：

1、拒绝支付背离工伤保险条例立法目的。

按照该条例第一条，保障因工作遭受事故伤害或者患职业病的职工获得医疗救治和经济补偿，促进工伤预防和职业康复，分散用人单位的工伤风险，才是该项立法的最高价值追求。本案中，职工早已参保，因工致亡的事实已被行政部门确认，职工家属及第三人不存在骗保的行为及故意，仅仅因为特殊情形——劳动关系移转及非因本人造成的单位保费不定期补缴这一惯例性事实——社保部门即拒绝支付不利于工伤职工的医疗救助和经济补偿，更谈不上分散用工单位的工伤风险，与行政法规立法目的背道而驰。

2、拒绝支付不符合行政法理及法律规定。

一般认为，从我国行政许可法第六十九条以及国务院《全面推进依法行政实施纲要》要求行政机关遵守行政法上的信赖保护原则，即当行政相对人对授益性行政行为形成值得保护的信赖时，行政主体不得随意撤销或废止该行为，否则必须合理补偿行政相对人信赖该行为有效存续而获得的利益。行政给付属于典型的授益性行政行为。案例中，本地企业不定期补缴工伤保险费用为工伤保险部门长期认可，已形成行政惯例，作为参保职工家属以及参保单位第三人，对社保部门支付工伤保险费用具有合理期待，社保部门不予支付有悖诚信;而且，《工伤保险条例》第六十二条规范主体为应当参加工伤保险而未参加工伤保险的用人单位，本案第三人早已参保，一审法院据此判决驳回诉讼请求应属适用法律不当。

3、拒绝支付无助于促进社保制度建设。

尽管参加工伤保险属于强制性规定，但或者由于企业经营的确困难，或者由于相关负责人员法律意识淡薄，抑或相关理赔制度举措失位，现实中仍有相当数量的企业(特别是小微企业)没有为职工参加工伤保险，这既不利于完善我国的社会保险制度，又难以实现对因工作受到伤害职工的保障救济。案例中的企业尽管经营不佳，仍然分批次为全部职工补缴工伤保险，社保部门收取费用时不考虑企业缴费方式是否合法，核定支付时却以此为由拒绝，此种做法难以令涉事企业信服。