补充侦查发生阶段补充侦查发生在审查批捕、审查起诉和法庭审理三个阶段。

1、审查批捕阶段的补充侦查：

人民检察院对于公安机关提请批准逮捕的案件进行审查后，对于不批准逮捕的，人民检察院应当说明理由，需要补充侦查的，应当同时通知公安机关。

2、审查起诉阶段的补充侦查：

(1)、人民检察院审查起诉部门在审查中发现侦查人员以非法方法收集犯罪嫌疑人供述、被害人陈述、证人证言的，应当提出纠正意见，同时应当要求侦查机关另行指派侦查人员重新调查取证，必要时人民检察院也可以自行调查取证。侦查机关未另行指派侦查人员重新调查取证的，可以依法退回侦查机关补充侦查。

(2)、公安机关侦查终结的案件，人民检察院审查之后，需要补充侦查时，既可以决定将案件退回公安机关补充侦查，也可以决定自行侦查，必要时可以要求公安机关协助。

(3)、人民检察院审查起诉部门对本院侦查部门移送审查起诉的案件审查后，认为犯罪事实不清、证据不足或者遗漏罪行、遗漏同案犯罪嫌疑人等情形，认为需要补充侦查的，应当向侦查部门提出补充侦查的书面意见，连同案卷材料一并退回侦查部门补充侦查。

3、法庭审理阶段的补充侦查：

在法庭审理过程中，检察人员发现提起公诉的案件需要补充侦查，并提出补充侦查建议的，人民法院可以延期审理。法庭审理阶段的补充侦查，一般由人民检察院自行补充侦查，必要时可以要求公安机关协助。

一、补充侦查时限

1、退回公安机关补充侦查的案件和法庭审理阶段的检察院自行补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕。

2、人民检察院审查起诉中没有退回公安机关补充侦查而决定自行侦查的，检察院应当在审查起诉期限内侦查完毕。

3、补充侦查以2次为限，即使是改变管辖的案件前后退回补充侦查的次数总共也不得超过两次。

二、补充侦查法律规定

《刑事诉讼法》

第一百七十五条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。

人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

第二百零四条在法庭审判过程中，遇有下列情形之一，影响审判进行的，可以延期审理：

(一)需要通知新的证人到庭，调取新的物证，重新鉴定或者勘验的；

(二)检察人员发现提起公诉的案件需要补充侦查，提出建议的；

(三)由于申请回避而不能进行审判的。

第二百零五条依照本法第二百零四条第二项的规定延期审理的案件，人民检察院应当在一个月以内补充侦查完毕。

第二百零八条人民法院审理公诉案件，应当在受理后二个月以内宣判，至迟不得超过三个月。对于可能判处死刑的案件或者附带民事诉讼的案件，以及有本法第一百五十八条规定情形之一的，经上一级人民法院批准，可以延长三个月；因特殊情况还需要延长的，报请最高人民法院批准。

人民法院改变管辖的案件，从改变后的人民法院收到案件之日起计算审理期限。

人民检察院补充侦查的案件，补充侦查完毕移送人民法院后，人民法院重新计算审理期限。