1、建立刑事管辖权异议对保护被害人的意义。在刑事诉讼中，如果犯罪嫌疑人、被告人(以下简称二者)的犯罪行为是真实的，那么此时被害人的权利比二者更应该受到保护。如果司法机关的错误的管辖权有可能导致二者获得不正当的利益，被害人应该提出管辖权异议，以维护法律的正确实施和自己的合法权益。例如，被告人抢劫了被害人的巨额财产并导致被害人重伤，在此情况下，应由中级法院进行管辖。假如此时基层法院进行了管辖，则可能使被告人获得比较低的量刑，那么对被害人来说是极为不公平的，被害人在这种情况下完全可以提出管辖权异议。

2、建立刑事管辖权异议对保护二者的意义。二者无论在自诉案件中或公诉案件中均处于被追诉的地位,尤其在公诉案件中,二者的防御能力与司法机关的追诉力量相比较常常处于劣势。因此在刑事诉讼中应当保护二者的人权。建立刑事管辖权异议对保护二者的意义在于：

(1)可以使二者获得公平审判。在刑事诉讼中，获得公平审判的权利是二者等所享有的一项重要的宪法性权利，也是正当法律程序的必然要求。例如，赋予被告人刑事管辖权异议权，可以避免因级别管辖错误以及地域差异而导致的对被告人的不利后果。

(2)提出刑事管辖权异议是二者行使辩护权的重要方式之一。二者可以对司法机关的管辖权提出异议,否认司法机关错误或不当的管辖权,使司法机关对其的追诉失去法律效力,排除司法机关行使错误或不当的追诉的实际危害和潜在危险，使二者获得正确的审判，以保证刑事诉讼程序正义、结果公正。

(3)建立刑事管辖权异议是二者诉讼主体身份强化的体现之一。目前刑事诉讼中，将二者作为诉讼客体的传统观念根深蒂固,漠视甚至侵犯二者合法权益的现象大量存在。其中在刑事管辖方面,二者的诉讼主体地位也得不到应有的体现,正如学者所言,“对于案件的管辖问题,被告人即使在管辖发生争议时也不能自行选择他所信任的法院,而只能完全听任有关法院的指定。这种为人们所司空见惯的诉讼现象,其背后所表现出来的就是被告人诉讼主体性的弱化或虚无。”既然刑事诉讼法确立了二者的诉讼主体身份,那么就应该允许二者对司法机关的追诉和裁判进行直接、有效的对抗,允许二者行使刑事管辖异议权，使二者在涉及个人基本权益的诉讼事项上积极主动地行使选择权和决定权，体现并强化二者诉讼主体地位。