根据中国《专利法》第五十七条第二款规定，在专利侵权诉讼中，如果专利涉及的是新产品的制造方法，则由被告承担证明其产品制造方法不同于专利方法的举证责任，这就是举证责任的倒置。

正确理解和运用举证责任的倒置必须弄清两个问题。一、倒置是否意味着原告可以不承担任何举证责任;二、如何处理举证与保护被告商业秘密的关系。

按照中国的诉讼实践，举证责任的倒置并不是说原告不负任何举证责任;相反，原告首先要证明其享有专利权，被告制造的产品与使用专利方法获得的产品相同，而且该产品是新产品。

值得注意的是，判断是否为新产品的标准不同于授予专利权时所要求的新颖性标准。只要产品于专利申请日前从未在本国市场见过，就可以认为是新产品。另外，是否为新产品，对原告的举证要求不高，一般情况下，只要在专利文件中提到是一种新产品的制造方法，或者在诉讼时有初步证据证明是一种在申请专利前市场上未曾见过的新产品即可。

在诉讼实践中，有的被告以其实施的方法是商业秘密为由拒绝举证，有的法院以同样的理由不将被告的证据提供给原告进行质证，这些做法都是不正确的。

最高人民法院曾经对一起违反《专利法》关于方法专利举证责任倒置规定的案件，作出了发回重审的裁定，强调必须严格执行《专利法》和司法解释中有关举证责任的规定，不能以任何理由忽视诉讼程序上的公正，避免出现错案。这一裁定对中国专利诉讼有一定的指导作用。此案是一起涉外纠纷案件，即美国伊莱利利公司与江苏豪森药业股份有限公司方法专利侵权纠纷上诉案。伊莱利利公司以一审法院违反《民事诉讼法》和《专利法》不进行开庭质证就将豪森公司提交的证据作为定案依据和该公司未尽到举证责任为由提出上诉。经审理，最高法院撤销一审判决，发回原审高级人民法院重审，理由是：一审法院采信未经双方当事人质证的证据，未能保障上诉人伊莱利利公司获得被上诉人豪森公司产品生产方法不同于专利方法的有关技术信息的正当诉讼权利，并以未经质证的证据作为委托技术鉴定的依据，违反了民事诉讼法关于证据应当经过庭审质证才能作为定案依据的规定，导致一审判决认定事实不清，证据不足，适用法律错误。

在审判此案时，最高人民法院为了保护一审被告主张的商业秘密，采取了几项措施：一是不公开审理，不但排除了与当事人无关的公众的旁听，对当事人各方参与庭审的旁听人员也进行了限制，只允许法定代表人和其两名委托代理人，以及律师、必要的记录人员参与诉讼。同时允许各方当事人聘请两名专家证人出庭，对案件涉及的专业技术问题进行说明。二是当庭发出命令，各方当事人不能就庭审所掌握的案件情况，特别是对方提供质证的信息进行披露、扩散和使用等未经授权的行为，否则属于故意侵权，应当承担更重的法律责任，甚至承担妨害诉讼的法律责任。三是对于诉讼程序的进展，根据具体的诉讼请求逐渐扩大涉及当事人商业秘密的质证范围。