区、县级政府不能直接强拆农村房屋。

根据《土地管理法实施条例》第四十五条的规定，违反土地管理法律、法规规定，阻挠国家建设征收土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令交出土地;拒不交出土地的，申请人民法院强制执行。由此可知，集体土地上的建筑物强拆也只能由行政机关申请人民法院强制执行。

所以，无论是征收集体土地还是征收国有土地上的房屋，均应在完成补偿安置工作的情况下由行政机关申请人民法院强制执行，在获得法院的准许强制执行裁定前，行政机关没有直接强制拆除被征收房屋的权力。即使在被征收人已经依法得到安置补偿或者无正当理由拒绝接受安置补偿的情况下，征收机关若要实现强制搬迁和拆除，也必须按照法定程序申请人民法院强制执行。

当然，以上所说的农村房屋指的是具有合法证件的、或是经有关部门调查后认定为合法的建筑，如果是没有合法证件，经相关部门调查后认定为违法的建筑，就不用经过法院申请强制执行。

如果是违建，那么城乡规划主管部门在作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。

强制拆迁的法定程序如何

1、在政府作出责成决定后，房屋拆迁管理部门应当提前15日通知被拆迁人，并认真做好宣传解释工作，尽量动员被拆迁人自行搬迁。

2、被拆迁人在公告指定的期限内仍未自动搬迁的，人员才能正式实施强制拆迁。

3、强制拆迁时，应当组织街道办事处(居委会)、被拆迁单位负责人到现场作为强制拆迁证明人，并由公证部门对被拆迁房屋及其房屋内物品进行证据保全。实施强制拆迁时，被执行人应当到场，当然，如果其拒不到场，也不影响执行机关的执行。

4、强制拆迁房屋证据保全时，公证机关应通知被拆迁人到场。如其拒不到场，公证员应在笔录中记明。公证员应当组织对所有物品逐一核对、清点、登记，分类造册。并记录上述活动的时间、地点，交两名有完全行为能力的在场人员核对后，由公证员和在场人员在记录上签名。被拆迁人拒绝签名的，公证员应在记录中记明。

5、物品清点登记后，应运至指定处所，交给被执行人接收。不能立即交于被拆迁人的，拆迁人应将物品存放在合适的仓库中，同时，拆迁人应制作通知书，通知当事人在一定期限内领取物品。逾期不领的，拆迁人应办理提存。

6、强制执行房屋，由裁决机关接收。