在司法实践中，一般会具体分析阴阳合同的标的额或者所涉及的财产利益，不同情况有不同的处理方式，一般法院会按以下两种办法处理：

1、根据规定，合同需要备案的，以备案的合同为准，这是一般原则;但是如果备案的合同没有实际履行，而实际履行的合同中有违法利益，则价格以实际履行的合同为准，其余按照备案的合同约定，备案合同未约定的，而阴合同又有相关内容的按阴合同的约定执行。

2、如果签订的两份合同，按照规定，既不需要批准，也无须备案，则以实际履行的合同为准。有的法院判例则以时间在后的合同价为准。

除非有证据证明前一份合同价是为规避纳税及骗取贷款等原因而签订的虚假价格。但是要特别注意是，这个举证责任是由提出异议方来承担的，也就是说，谁认为前一份合同是虚假的，谁就应当承担这个举证责任。

一、合同履行地管辖法条

合同履行地作了具体规定：“合同约定履行地点的，以约定的履行地点为合同履行地。合同对履行地点没有约定或者约定不明确，争议标的为给付货币的，接收货币一方所在地为合同履行地；交付不动产的，不动产所在地为合同履行地；其他标的，履行义务一方所在地为合同履行地。即时结清的合同，交易行为地为合同履行地。合同没有实际履行，当事人双方住所地都不在合同约定的履行地的，由被告住所地人民法院管辖。”该条用内容规定了合同履行地的认定及相关法院管辖权的确定问题。首先，该条第一款规定了合同履行地约定优先原则。合同约定履行地点的，以约定的履行地点为合同履行地，而不管合同的实际履行地是否与约定履行地一致。由此，因合同纠纷提起的诉讼，以合同履行地确定管辖法院时，也应当遵循该约定优先原则，当约定履行地与实际履行地不一致时，以约定的履行地法院管辖，而不能以实际履行地法院管辖。当然，如果合同没有约定履行地或约定不明的，则以合同实际履行地为准确定合同履行地法院管辖权。该条第三款规定了合同履行地约定优先原则的例外情形。“合同没有实际履行，当事人双方住所地都不在合同约定的履行地的，由被告住所地人民法院管辖。”也即合同履行地约定优先原则，仅对实际履行的合同有效，合同未实际履行的则不适用约定优先原则。其次，约定管辖不得违背级别管辖和专属管辖的规定。根据民诉法专属管辖原则，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地法院管辖。

以不动产为履行内容的合同纠纷，其管辖法院是唯一的，即不动产所在地法院。当事人约定不动产所在地以外的法院管辖的，该约定因违反而无效。再次，该条规定了合同没有实际履行时的管辖法院确定原则。合同没有实际履行，当事人双方住所地都不在合同约定的履行地的，由被告住所地法院管辖。但是，合同没有实际履行时，如果当事人一方或双方住所地都在合同约定的履行地，由哪个法院管辖？如果被告单方住所地在合同约定的履行地的，应由被告住所地法院管辖；如果原告单方住所地在合同约定的履行地的，根据约定优先原则，应由原告住所地法院管辖，或者根据合同纠纷提起的诉讼“被告住所地与合同履行地”均有管辖权的规定，至少应与被告住所地法院一样拥有同等的管辖权；如果原被告双方住所地辖区相同都在合同约定的履行地的，则应由被告住所地法院管辖。

二、未备案的建设工程施工合同补充协议效力如何？

建设工程领域中的“黑白合同”是指建设工程施工合同的当事人就同一建设工程签订的两份或两份以上实质性内容相异的合同。通常把经过招标、投标经备案的正式合同称为“白合同”，把实际履行的补充协议称为“黑合同”。

中标通知书对招标人和中标人具有法律效力，中标通知书发出后，招标人改变中标结果的或者中标人放弃中标项目的，应当依法承担法律责任。也就是说中标通知书一旦到达投标人，合同即成立招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。

法律依据：

《建筑法》第三十一条（合同备案）发包单位应当在建设工程合同签订的30日内，送工程所在地建设行政主管部门备案。合同发生重大变更的，发包单位应自合同变更后15个工作日内，将变更协议送原备案机关备案。合同发生纠纷的，以备案合同为准。

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。