1、以备案的中标合同结算

（1）根据法律规定，必须经过招标投标的工程不得以任何方式规避招标，双方在管理部门的指导下根据招标文件签订合同。在这种情况下，无论私下签订的合同是否由双方自愿达成的、是在招标合同签署之前还是之后订立的，均属无效合同，结算款的计算应以备案中的中标合同结算。

（2）虽然法律没有明确规定自愿招标的情况，但我们认为自愿通过招标发包的当事人应该遵循招标法的相关规定，若订立阴阳合同，也应该按备案的中标合同结算。

2、以当事人实际履行的合同结算

（1）在实践中，阴阳合同效力的认定在全国各地的判法不尽相同，这主要是考虑到最高院颁布的司法解释并没有直接否认“阴合同”的效力，但又存在着无强制规定需投标或两个合同无效的情况。

（2）大多数省份高院颁布的指导意见认为，出现这两种情况时，应该尊重当事人的意志，以当事人实际履行的合同为结算依据，除非合同违反法律强制性规定。因此，当事人在签订阴阳合同时，需查询当地高法的指导意见，避免利益受损。

3、对实质内容的变更，才是订立了阴阳合同

（1）并不是所有的合同变更都不被允许，建设合同中包括建设工期、工程质量、工程造价、拨款和结算、竣工验收等条款。双方只有对工程质量、工程期限和计价方式变更，才是对合同的实质性变更。

（2）若工程因客观因素导致工程量、工程价款、工期变更，属于工程建设中不可避免的情况，法律保护这种情况下双方另外订立的补充书面文件。

4、处以罚款，甚至追究刑事责任

（1）如果需要招标才能建设的工程，试图通过订立阴阳合同逃避监管，则会被处以项目合同金千分之五以上千分之十以下的罚款。

（2）无需招标工程的双方当事人，若订立的阴阳合同触犯《税收征收管理法》时，其应承担不缴或者少缴的税款5倍以下的罚款，甚至追究刑事责任。

一、工程承包合同印花税怎么计算

建筑安装工程的印花税率是万分之三，按照合同上面的金额乘以万分之三，如果印花税额不足1角的，是免印花税的，如果是一角以上的尾数则四舍五入。

二、合同在工程承包中的作用

合同在建设项目管理过程中的地位和作用主要体现在如下三个方面：

（一）合同是建设项目管理的核心任何一个建设项目的实施，都是通过签订一系列的承发包合同来实现的。通过对承包内容、范围、价款、工期和质量标准等合同条款的制订和履行，业主和承包商可以在合同环境下调控建设项目的运行状态。通过对合同管理目标责任的分解，可以规范项目管理机构的内部职能，紧密围绕合同条款开展项目管理工作。因此，无论是对承包商的管理，还是对项目业主本身的内部管理，合同始终是建设项目管理的核心。

（二）施工合同是承发包双方履行义务、享有权利的法律基础为保证建设项目的顺利实施，通过明确承发包双方的职责、权利和义务，可以合理分摊承发包双方的责任风险，建设工程合同通常界定了承发包双方基本的权利义务关系。如发包方必须按时支付工程进度款，及时参加隐蔽工程验收和中间验收，及时组织工程竣工验收和办理竣工结算等。承包方则必须按施工图纸和批准的施工组织设计组织施工，向业主提供符合约定质量标准的建筑产品等。合同中明确约定的各项权利和义务是承发包双方的最高行为准则是双方履行义务、享有权利的法律基础。

（三）合同是处理建设项目实施过程中各种争执和纠纷的法律证据建设项目由于建设周期长、合同金额大、参建单位众多和项目之间接口复杂等特点。在合同履行过程中，业主与承包商之间、不同承包商之间、承包商与分包商之间以及业主与材料供应商之间不可避兔地产生各种争执和纠纷。而调处这些争执和纠纷的主要尺度和依据应是承发包双方在合同中事先作出的各种约定和承诺，如合同的索赔与反索赔条款、不可抗力条款、合同价款调整变更条款等等。作为合同的一种特定类型，建设工程合同同样具有一经签订即具有法律效力的属性。所以，合同是处理建设项目实施过程中各种争执和纠纷的法律依据。