根据国家知识产权局《专利审查指南》的规定，专利实质审查程序中申请文件的审核与实审准备的内容具体包括以下几个方面：

一、核对申请的国际专利分类号

审查员接到申请案后，不管近期是否进行审查，都应当首先核对申请的国际专利分类号;

审查员认为申请不属于自己负责审查的分类范围的，应当根据局内专利分类协调的规定及时处理，以免延误审查;

审查员认为分类号不确切，但仍属于自己负责审查的范围的，应当自行改正分类号。

二、查对申请文档

审查员对属于自己负责审查的分类范围的申请案，或者调配给自己的申请案，不管近期是否进行审查，都应当及时查对申请文档;对于应由其他部门处理的手续文件以及与实质审查无关的其他文件，审查员应当及时转交相应的部门，以免延误。

(一)查对启动程序的依据

审查员应当查对申请文档中是否有实质审查请求书，其提交的时间是否在自申请日起三年之内，是否有发明专利申请公布及进入实质审查程序通知书;专利局决定自行对发明专利申请进行实质审查的，是否有经局长签署的通知书和已经通知申请人的记录。

(二)查对申请文件

审查员应当查对实质审查所需要的文件(包括原始申请文件及公布的申请文件，如果申请人对申请文件进行了主动修改或在初审期间应专利局的要求作过修改，还应当包括经修改的申请文件)是否齐全。

(三)查对涉及优先权的资料

申请人要求外国优先权的，审查员应当查对申请文档中是否有要求优先权声明以及经受理在先申请的国家或者政府间组织的主管部门出具的在先申请文件的副本;申请人要求本国优先权的，审查员应当查对申请文档中是否有要求优先权声明以及在中国第一次提出的专利申请文件的副本。

(四)查对其他有关文件

发明已在外国提出过专利申请的，审查员应当查对申请文档中是否有申请人提交的该国为审查其申请进行检索的资料或者审查结果的资料。

(五)申请文档存在缺陷时的处理

审查员如果发现申请文档中缺少上述(一)、(二)、(三)中任何一项所述的依据、文件或资料，或者某些文件不符合《专利法》及其实施细则的规定，应当将申请案返回流程管理部门并且说明理由。审查员如果发现申请文档中缺少上述(四)所述的资料，而且确信申请人已获得这样的资料，可以填写提交资料通知书，要求申请人在指定的两个月期限内提交有关资料;申请人无正当理由逾期不提交的，该申请被视为撤回。

此外，在实质审查前，审查员最好能初阅申请文件，查看是否需要申请人提交有关的参考资料，如果需要，可填写提交资料通知书，通知申请人在指定的两个月期限内提交;提前做好此项工作，有利于加快审查程序。

三、建立个人审查档案

审查员查对申请文档之后，应当着手建立个人审查档案，记载本人审查的案件的重要数据，并在此后的审查过程中补充有关信息，以便随时掌握各申请案的审查过程及其基本情况。

四、审查的顺序

(一)一般原则

对于接收的发明专利申请，除特殊处理所述的特殊情况外，都应当按照接收的先后顺序进行审查，但可以将先后接收的同类的专利申请放在一起同时审查;

在申请人对第一次审查意见通知书作出答复之后，审查员对申请继续审查时，一般应按照答复的先后顺序进行。

(二)特殊处理

对下列几种情况可作特殊处理：

1、对国家利益或者公共利益具有重大意义的申请，由申请人或者其主管部门提出请求，经专利局局长批准后，可以优先审查，并在随后的审查过程中予以优先处理;

2、对于专利局自行启动实质审查的专利申请，可以优先处理;

3、保留原申请日的分案申请，可以与原申请一起审查。