一、两年分居后是否可以自行办理协议离婚

可以。

协议离婚手续如下：

1．离婚双方当事人提交证件和相关证明材料：

（1）双方的结婚证等婚姻关系证明；

（2）本人的户口本、身份证等身份证明；

（3）双方当事人共同签署的离婚协议书，离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见；

（4）各提交2张2寸单人近期半身免冠照片；

（5）《申请离婚登记声明书》。

2．婚姻登记员讲明《民法典》关于登记离婚的条件并询问离婚意愿以及对离婚协议内容的意愿；

3．离婚双方当事人双方填写《申请离婚登记声明书》。

4．夫妻双方亲自在离婚协议上签名，婚姻登记员作监誓人；协议书夫妻双方各一份，婚姻登记处存档一份。

5．婚姻登记员对当事人提交的证件、申请离婚登记声明书、离婚协议书进行审查，符合离婚条件的，填写《离婚登记审查处理表》和离婚证，告知进入三十日冷静期。

6．冷静期后婚姻登记员颁发离婚证，当事人双方需均在场。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条【协议离婚】

夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。

离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十七条【离婚冷静期】

自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。

前款规定期限届满后三十日内，双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证；未申请的，视为撤回离婚登记申请。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十八条【离婚登记】

婚姻登记机关查明双方确实是自愿离婚，并已经对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的，予以登记，发给离婚证。

二、协议离婚怎么认定夫妻之间的财产

《中华人民共和国民法典》第一千零六十二条

夫妻在婚姻关系存续期间所得的下列财产，归夫妻共同所有：

1．工资、奖金；

2．生产、经营的收益；

3．知识产权的收益；

4．继承或赠与所得的财产，但本法第一千零六十三条第三项规定的除外；

5．其他应当归共同所有的财产。夫妻对共同所有的财产，有平等的处理权。

《中华人民共和国民法典》第一千零六十三条

下列财产为夫妻一方的个人财产：

1．一方的婚前财产；

2．一方因受到人身损害获得的赔偿或者补偿；

3．遗嘱或者赠与合同中确定只归一方的财产；

4．一方专用的生活用品；

5．其他应当归一方的财产。

三、协议离婚的协议书怎么写

1．标题写清楚，写明是“离婚协议书”。

2．协议双方当事人的主体信息要写清楚准确完整，信息不全不准，将会在办理离婚手续时产生不必要的麻烦。

3．陈述婚姻家庭基本情况，何时登记结婚、有无生育小孩，离婚原因一般写因感情不和导致夫妻感情确已破裂，已无和好可能即可。

4．协议书正文

（1）写明“男女双方自愿离婚”。

（2）写明子女的抚养问题，要写清楚子女由谁抚养，抚养费如何承担与支付等，同时确定探视子女的时间和方式。

（3）写明夫妻共同财产的分割方案。一切夫妻共同财产最好一次性约定清楚分割方案，涉及到产权变更登记、资产转移的，还应约定清楚变更、转移的时间，相关费用由谁承担等。

（4）约定清楚夫妻共同债权债务的处理。

（5）约定清楚离婚协议的份数、生效时间、持有人等。

最后就是落款，双方签名按手印，写明签订离婚协议的时间。

《中华人民共和国民法典》：第四章　离婚　　第一千零七十八条　婚姻登记机关查明双方确实是自愿离婚，并已经对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的，予以登记，发给离婚证。