是否生效，这个要结合具体的情况去考虑，主要分为三种情况：

1、如果拥有100%的产权，那就可以自由进行交易，就算是私下签订的协议，也会生效，购买这种房子还是比较靠谱的。

2、如果不是100%的产权，就不能随意进行交易，私下签订的协议有可能无效，这种房子按理来说是不可以出售的，不然就会损害集体利益。

法院会结合实际情形做出是否给予回迁房私下协议保护的决定，具体如下：

1、回迁房买卖协议私下进行是不受保护的，但是可以把交易变成合法交易就能够受到保护。

2、卖方如果不能改名的情况下，这时候要到当地的市公证处做一份房产转让书，填写重要信息就是回迁房要更名的两道手续。

3、回迁协议书，其实就是一张白纸，上面有回签办的印章。如果说房子不能改名，建议千万不要购买。

一、回迁房与商品房的区别是什么？

回迁房的概念源于拆迁货币补偿的方式，拆迁户用补偿款购买商品房与普通人购买商品房没有任何区别，都是花钱买房，购房者的身份是相同的。采取的是回迁的方式补偿，拆迁房不是商品房，不能当作商品房出售，二者之间存在一些区别：

1、在房价款方面，商品房与拆迁房有区别，商品房可立即上市，且在银行做抵押进行贷款。而回迁房享受国家政策的优惠，不含土地转让金，价格相对低廉且有小产权之说，故不享有商品房的上述权能。拆迁人以回迁房补偿被拆迁人的，补偿房屋由市政府有关主管部门参照经济适用住房政策核定价格，并按照经济适用住房政策管理。

2、商品房和回迁房买卖双方的关系不同，商品房的购买基础是开发商和购房者签订的《商品房买卖合同》，房屋的价款在合同中进行约定。而拆迁安置房屋的购买基础是拆迁单位和被拆迁人签订的拆迁补偿协议，在协议中进行约定。

另外，拆迁的是商品房，回拆房自然是应当商品房。拆迁的是集体土地上的私房，或者是经济适用房，回拆房的性质一般不是商品房。购买回拆房一定要查清性质。经济适用房不得买卖；集体土地上的私房拆迁的回迁房，回迁房的所占土地性质，一般是划拨所得，没有交土地出让金，正式办理过户手续时，需交土地出让金。