1、著作权合同纠纷。包括委托创作合同纠纷，合作创作合同纠纷，著作权转让合同纠纷，著作权许可使用合同纠纷，邻接权转让合同纠纷，计算机软件开发合同纠纷，计算机软件著作权转让转让合同纠纷。

2、商标代理合同纠纷。包括商标权转让、使用许可合同纠纷及商标代理合同纠纷等。

3、专利合同纠纷。包括专利申请转让、专利权转让合同纠纷，发明、实用新型和外观设计专利实施许可合同纠纷，专利代理合同纠纷等。

4、植物新品种合同纠纷。包括植物新品种育种、申请权、植物新品种权转让合同纠纷，植物新品种实施许可合同纠纷等。

5、商业秘密合同纠纷。包括技术秘密让与合同纠纷，技术秘密许可使用合同纠纷，经营秘密让与合同纠纷，经营秘密许可使用合同纠纷等。

6、技术合同纠纷。包括技术委托开、技术合作开发合同纠纷，技术转化、技术转让、技术咨询合同纠纷，技术服务、技术培训、技术中介、技术进、出口合同纠纷，职务技术成果完成人奖励、报酬纠纷，技术成果完成人署名权、荣誉权、奖励权纠纷等。

7、集成电路布图设计合同纠纷。包括集成电路布图设计创作合同纠纷，集成电路布图设计专有权转让合同纠纷，集成电路布图设计许可使用合同纠纷等。

8、计算机网络域名合同纠纷。包括计算机网络域名注册合同纠纷，计算机网络域名转让合同纠纷，计算机网络域名许可使用合同纠纷等。

9、企业名称合同纠纷。包括企业名称(商号)转让合同纠纷，企业名称(商号)使用合同纠纷等。

10、特殊标志合同纠纷。特殊标志合同纠纷，是指双方就经国务院批准举办的全国性和国际性的文化、体育、科学研究及其他社会公益活动说明使用的，由文字、图形组成的名称及缩写、会徽、吉祥物等标志的使用、经营等签订的合同中出现的纠纷。特殊标志合同是一类比较新型的知识产权合同。

知识产权合同纠纷是一个大的合同总类的纠纷，并不单单指某项合同纠纷，包括对与著作权、专利权以及商标权的许可使用合同、转让合同、代理合同，还有特殊种类的合同例如植物新品种合同、技术开发合同和计算机网络域名合同等合同纠纷。