确认股权转让纠纷的处理方式是：

1．协商

合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。

2．调解

合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解如，一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。

3．仲裁

合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。

4．诉讼

如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。除了上述一般特点之外，有些合同还具有其自愿的特点，如涉外合同纠纷，解决时可能会援引外国法律、而不是中国相关的合同方面的法律。

股权转让纠纷的相关法律问题

1、股东之间转让股份是否需要经过其他股东同意？

答：不需要。有限责任公司股东之间可以自由转让股份。

2、股东向股东以外的人转让股权，是否需要经过股东同意？未经其他股东同意转让的法律效力如何？

答：需要经过其他股东过半数同意。股东就其股权转让事项应当书面通知其他股东征求意见，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未作答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权（按照股东向他人转让股权的条件转让），不同意的，视为同意转让。

未经同意转让股权且股权转让合同签订后公司其他股东也不认可的，股权转让合同对公司不产生效力，转让人应当向受让人承担违约责任。受让人明知股权交易未经公司其他股东同意而仍与转让人签订股权转让合同。公司其他股东不认可的，转让人不承担违约责任。

3、工商登记对股权转让有何影响？

答：工商登记只是股权变更的公示方式，不作为股权转让合同成立和生效的要件。

4、股权转让后，公司不予向工商部门申请变更登记怎么办？

答：受让人可以公司为被告提起确权诉讼，但是不得向转让人主张撤销合同。

5、股东以优先购买权收到侵害为由请求确认股权转让无效的，以谁为被告？

答：应以转让方为被告，受让方为第三人。