我国水污染防治实行统一管理与分部门管理相结合的监督管理体制。具体地讲，各级人民政府的环境保护部门是对水污染防治实施统一监督管理的机关；各级交通部门的航政机关是对船舶污染实施监督管理的机关；各级人民政府的水利管理部门、卫生行政部门、地质矿产部门、市政管理部门、重要江河的水源保护机构，结合各自的职责，协同环境保护部门对水污染防治实施监督管理。

首先，对水污染防治实施统一监督管理的机关是各级人民政府的环境保护部门。这里讲的各级人民政府的环境保护部门是指县级以上人民政府的环境保护部门，环境保护部门对水污染防治实施统一监督管理，主要包括：贯彻并监督执行国家水污染防治的法律、法规和政策；编制所辖区域内的水污染防治规划；依照法律规定的权限颁发水环境保护标准；组织、开展水污染防治的科学研究，推广先进的水污染防治技术工艺；组织水环境监测和实施法律规定的其他监督管理职责。这里需要说明的是，环境保护部门对水污染防治实施统一监督管理，而不是主管水污染的防治，水污染的防治工作主要应由排污单位负责治理，环境保护部门虽然可以统筹、调剂治理费用，但不能越俎代庖，其职责是监督管理。

考虑到船舶污染属于流动污染源，与陆地企业等固定污染源对水的污染有很大不同，交通部门的航政机关的职责又是负责对船舶的日常监督管理，因此水污染防治法规定，各级交通部门的航政机关是对船舶污染实施监督管理的机关。航政机关对船舶污染实施监督管理主要包括：航行船舶的防污设备、防污文书或者记录是否符合要求；监督检查港口、码头的废物接收与处理设施是否符合要求；审批在港区进行的有可能污染港区水域的作业；负责船舶污染事故的调查处理，并可强制打捞或强制拖航造成或可能造成船舶污染事故的船舶。

水污染防治工作涉及水利、卫生、地质、市政等部门的职责分工，做好水污染防治工作，还须要各级人民政府的水利管理、卫生行政、地质矿产、市政管理和重要江河的水源保护机构，结合各自的职责、协同环境保护部门对水污染防治实施监督管理。所谓结合各自的职责是指水利管理部门要结合水资源保护、水利建设、水土保持的职责，协同环境保护部门对地表水体的污染防治实施监督管理；地质矿产部门要结合地质勘探、矿产资源开发的管理职责，协同环境保护部门对地下水体的污染防治实施监督管理；卫生行政部门要结合卫生保健、卫生防疫的管理职责，协同环境保护部门对饮用水源、医院废水污染防治实施监督管理；市政管理部门要结合城市基础设施建设的管理，协同环境保护部门对排入下水道污水和其他城市生活污水实施监督管理；重要江河的水源保护机构要结合江河整治工作和对有关方面的协调职责，协同环境保护部门对跨地区的江河水污染防治实施监督管理。