在行政处罚的一般程序中，无论是遵循程序的行政机关还是进行司法审查的法院都把较多的注意力投入在“外部程序”——行政程序中直接关系相对人程序权利——的部分之中，而对一般程序中不直接与相对人发生关联即归类为“内部程序”的部分未予以相应的重视。在实践中，有些行政机关在案卷归档时，采取分装正、副卷的做法，把涉及外部程序的部分——行政处罚决定书、权利告知书、强制措施决定书、送达回证、询问笔录等装订成正卷，涉及内部程序的部分——立案审批表、强制措施审批表、行政处罚决定审批表等装订成副卷，在行政处罚受到司法审查时，仅向法院移送正卷，而副卷仅在行政机关内部供留档使用。法院在对行政处罚进行司法审查时，也仅要求行政机关提供证明遵循外部程序的材料，而对不直接涉及相对人权利的程序步骤一般不作审查的要求。

行政处罚一般程序区别于简易程序的特点在于：

一、调查程序与决定程序相分离。

在简易程序中，当场认定违法事实，并当场作出处罚，调查程序和决定程序合为一体；在一般程序中，由于案件事实较为复杂，不能当场认定违法事实，并在调查中经常需要采取直接发动公权力的强制措施，因而，一般程序中的“调查”被塑造成为一个与“决定”相分离的独立程序，在“调查终结”之后再进入决定程序。

二、调查权限与决定权限相分离。

在简易程序中，调查权限和决定权限都在于现场的执法人员；而在一般程序中，现场执法人员仅有调查权限，作出行政决定的权限则在于机关首长。

无论在简易程序还是一般程序中，相对人的程序权利都是相同的。行政处罚法之所以作出“简易程序”和“一般程序”的分化，并在一般程序中规定“调查”和“决定”的程序分立及职能分离，是考虑到与处罚对相对人权益的侵害程度相适应，采用程序分立和职能分离的程序设计更有利于对相对人权益的保护。易言之，一般程序中“调查”与“决定”在程序和职能上的分离，究其本质仍是一种通过机关内部的功能分化和相互制约，促进行政行为更为审慎和公正的程序保障机制。因此，这种程序和职能的分离是否得到实现，也应当属于法院司法审查的范围，疏于遵循法律相关规定的，仍应被认定为程序违法。

由于行政处罚法对一般程序的规定较为原则，在实践中，一般程序的具体程序步骤往往规定在行业主管部门规章或地方政府规章之中。严格而言，在法律规定的限度之内，规章对行政程序的细化规定对受其约束的行政机关具有与法律同等的效力，违反规章对内部程序的规定同样属于违反法定程序。如暂不对内部程序作严格审查，将规章对内部程序的规定留给行政机关自身掌控，则对内部程序的司法审查应达到行政处罚法第三十六条和第三十八条的底线要求，即审查行政机关是否履行了立案程序以及在作出处罚时是否实行了最低限度的程序分立和职能分离。由于第三十八条规定“调查终结，行政机关负责人应当对调查结果进行审查，根据不同情况，分别作出如下决定”，因而，行政卷宗中是否具有表明案件调查终结及调查结果的文书，是否具有机关首长对行政决定的审批文书，应当成为司法审查的内容，上述文书的缺失应被视为“违反法定程序”。