由于电子合同具有不同于传统合同的特征，所以企业在签订电子合同过程中显现出与传统合同签订的不同，也出现了新的需要解决的问题。

(一)与签订传统合同相比，企业存在更大的风险。首先，在订立传统合同时，各方当事人一般通过面对面的谈判或以其他诸如信件、电报、电传、传真等方式进行协商，并最终当面签订合同。而在电子合同的谈判、协商和签订时，各方当事人可能互不谋面。交易双方可以是任何人，当事人的身份需要依靠认证才能确定，而这种确定的过程具有风险性。从这两方面看，在签署电子合同过程中，存在着比签订传统合同更大的风险。然而，电子合同以其迅速、快捷和便于管理的特点又极大地吸引着商务活动者去使用它。

(二)信用问题进一步凸显。签署电子合同的风险不仅限于签署一般合同所面临的风险，它对各方当事人的信用度、文件传输的安全性，以及文件在法律上的有效性提出了更高的要求。由于当事人各方在签署电子合同时可能素未谋面，这就需要各方必须以更高的信用作为基础去进行谈判和签署合同。而在签署合同前，各方必须相互对对方的信用程度做出必要的评估，这就需要建立一种信用制度，以使各方在事前就能够比较全面地了解对方。只有相互信任，才能使各方有达成一致意见的基础，否则即使达成协议，在执行过程中也会出现信用危机，甚至对簿公堂。可是，由于我国在建立信用制度方面还不够完善，所以一些企业为了规避较大的信用风险，如果使用电子合同，一般也仅限于那些交往多年深为熟知的客户。企业这样做，虽然加强了合同的安全性，但同时也限制了企业与其他更广泛客户的交流，甚至会因为相互不信任而失去拓展市场的机会。

(三)合同传输过程需要更高的安全性。安全问题一直是电子商务活动的瓶颈，尤其是在文件传输过程中，文件内容有可能被截取、修改，甚至丢失。所以，与传统的互传文书的形式相比，签订电子商务合同的安全性较差。面对面的交换意见、协商和签订文件总比通过虚拟网络来得实在可靠。由于网络的安全问题并未得到彻底的解决，大部分企业对采用电子合同持谨慎态度，这也限制了电子合同乃至总体电子商务的发展。