个人所得税手续费退税的网上具体流程如下所示：

1、首先，打开自然人电子税务局（扣缴端）（以下简称扣缴端），登录扣缴端；

2、在登录进入扣缴端界面以后，点击“代扣代缴”子目录下进入系统的（退付手续费核对）功能；

3、点击（获取结报单），等待系统自动查询出退付手续费信息后核对所属期、数据是否准确；

4、核对无误之后，点击“我已核对无误”按钮提交；

5、点击“我已核对无误”后系统弹出“代扣代缴手续费退费申请”，选择“开户银行”、“银行账号”，“开户银行网点”自动带出。阅读声明后，点击“提交”。提示信息“确认成功”弹框，点击“确定”；

6、填报完成后系统将推送至税务机关审核，等待审核完成后，即可返还对应的手续费。

法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第九条

个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。纳税人有中国公民身份号码的，以中国公民身份号码为纳税人识别号；纳税人没有中国公民身份号码的，由税务机关赋予其纳税人识别号。扣缴义务人扣缴税款时，纳税人应当向扣缴义务人提供纳税人识别号。

个人所得税手续费的用途：

1、《财政部国家税务总局中国人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》（六）三代单位所取得的手续费收入应该单独核算，计入本单位收入，用于三代管理支出，也可以适当奖励相关工作人员。

2、《个人所得税代扣代缴暂行办法》规定对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给2％的手续费。扣缴义务人可将其用于代扣代缴费用开支和奖励代扣代缴工作做得较好的办税人员。

根据上述文件规定，对于企业取得代扣个人所得税代手续费返还，从用途上讲应该有两种，一种是用于代扣代缴工作的管理性支出，另一种是用于奖励有关工作人员。

法律依据：

根据《财政部国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的通知》关于对个体工商户的征税问题的规定

1、个体工商户业主的费用扣除标准和从业人员的工资扣除标准，由各省、自治区、直辖市税务局确定。个体工商户在生产、经营期间借款的利息支出，凡有合法证明的，不高于按金融机构同类、同期贷款利率计算的数额的部分，准予扣除。

2、个体工商户或个人专营种植业、养殖业、饲养业、捕捞业，其经营项目属于农业税（包括农业特产税，下同）、牧业税征税范围并已征收了农业税、牧业税的，不再征收个人所得税；不属于农业税、牧业税征税范围的，应对其所得征收个人所得税。兼营上述四业并四业的所得单独核算的，比照上述原则办理，对于属于征收个人所得税的，应与其他行业的生产、经营所得合并计征个人所得税；对于四业的所得不能单独核算的，应就其全部所得计征个人所得税。

3、个体工商户与企业联营而分得的利润，按利息、股息、红利所得项目征收个人所得税。

4、个体工商户和从事生产、经营的个人，取得与生产、经营活动无关的各项应税所得，应按规定分别计算征收个人所得税。