首先查清土地部门注销土地使用权证的理由，看是否合法，若违法可以提起行政诉讼。以下为注销土地使用权证的一些情形及程序，可供参考：

国有土地使用权注销土地登记是指已登记的国有土地使用权，由于权利被依法收回、存续期届满、土地灭失等原因，由土地管理部门在登记簿上进行注记的行为。

按照《土地登记规则》、《关于变更土地登记的若干规定》的相关规定，国有土地使用权注销登记程序比一般登记程序要简单，主要包括三个环节：一是变更土地登记申请；二是权属审核；三是注册登记。

关于变更土地登记申请，国有土地使用权终止的，使用权人应持以下文件申请注销土地登记：

（一）国有土地使用证。

（二）有关准予注销的批文或证明文件。按照土地使用权灭失的不同情形，分三种：一是县级以上人民政府依法收回国有土地使用权的，申请人应提交县级以上人民政府签发的收回该国有土地使用权的文件；二是国有土地使用权出让或者租赁期满，未申请续期或者续期申请未获批准的，申请人应当提交县级以上人民政府与土地使用者或土地承租者签订的国有土地使用权出让合同或者国有土地使用权租赁合同；三是因自然灾害等造成土地权利灭失的，申请人应当提交有充分效力的土地权利灭失的证明材料。

（三）房屋所有权证。

关于审核、注册，《关于变更土地登记的若干规定》明确指出，除了土地权属变更登记申请，经土地管理部门审核，符合规定要求的，报人民政府批准后进行注册登记，其他类型的变更土地登记（他项权利变更登记、更名登记、更址登记、土地用途变更登记、注销登记）经土地管理部门审核，符合规定要求的，直接在登记簿上进行注册登记并注销土地使用权证。

基于上述理由，笔者认为，市人民政府土地管理部门在办理国有土地使用证注销登记时，经土地管理部门审核符合规定的，无须再履行向人民政府报批的手续，即可直接办理注销登记手续，即在登记簿变更登记事项一栏上说明变更原因并加盖“注销”印章即可。

应当申请注销登记而逾期不申请注销登记的，土地管理部门依法直接办理注销登记手续，并将注销登记结果通知当事人及有关部门。因土地使用权经人民政府批准后依法收回等原因，原土地使用者拒不申请办理土地使用权注销登记的，土地管理部门应通过媒体公告通知原土地使用者办理注销登记，公告期满后原土地使用者未申请办理注销登记的，土地行政主管部门可以直接办理土地注销登记。