1、设置上的不足

首先，对附条件不起诉适用范围规定过窄。从现行刑法来看，法定刑在一年以下有期徒刑的罪名本身就极少，而在刑法分则第四、五、六章中法定刑在一年以下的仅有两个罪名。从宣告刑来看，参照《人民法院量刑指导意见(试行)》的从轻、减轻处罚幅度，对已满14周岁不满16周岁的未成年人而言，只有在其涉嫌贩卖少量毒品时，起刑点在3个月拘役至3年有期徒刑之间，才可能适用附条件不起诉。而对于已满16周岁不满18周岁的未成年人犯罪，在刑法分则第四、五、六章中能达到附条件不起诉要求的罪名也是屈指可数，且都并非未成年人犯罪的高发区。

其次，对附条件不起诉适用条件规定过于简单。“有悔罪表现”的条件显然更多的是考虑对未成年犯罪嫌疑人的保护，而没有充分考虑受害人的利益。且对于被作出附条件不起诉的犯罪嫌疑人来说这样的规定也显得过于简单。未成年犯罪嫌疑人可能为求得“不起诉”而表现出良好的悔罪态度，但承办人员难以在短时间内对其是否真心悔过作出准确的评判。从而可能为犯罪嫌疑人逃避刑罚提供了条件和便利。

2、监督制约机制的不完善

修正案在未成年人附条件不起诉的适用对象、适用条件、考验期限、适用程序和撤销等方面都做了规定。但由于缺乏具体的操作细则，如比照适用相对不起诉的工作流程，由承办人员审查完毕，经分管检察长同意后，再经检察委员会讨论决定，既烦琐效率低下又透明度不高。同时，按照修正案规定“人民检察院在作出附条件不起诉的决定以前，应当听取公安机关、被害人的意见。”但是没有明确给出被害人的救济途径和渠道，一旦被害人提出反对意见，检察机关是否能就此作出起诉的决定。且作出附条件不起诉决定的是检察机关，实施监督考察的也是检察机关，考验期满根据考察结果作出起诉与否决定的还是检察机关，这将再次引来“谁来监督监督者”的悖论。

3、配套机制的缺乏

修正案虽规定了被附条件不起诉的未成年犯罪嫌疑人在考察期内应遵守的规定，但仅为四项较为笼统的义务，针对性不强、可操作性差。如果未成年犯罪嫌疑人在不起诉前尚未羁押，在不起诉后又未受到任何非刑罚处罚措施，不免会使其对自身行为缺乏必要认识，认为即使犯罪也无需承担任何法律责任，进而放纵了犯罪。基于未成年犯罪嫌疑人的特殊性，出于矫治和教育的目的，在作出附条件不起诉决定以后，对其帮教、挽救工作必不可少。修正案规定“由人民检察院对被附条件不起诉的未成年犯罪嫌疑人进行监督考察”，要求未成年犯罪嫌疑人“按照考察机关的要求接受矫治和教育”。但缺乏具体的未成年人帮教机制，由于人力、物力、财力有限，检察机关具体进行矫治、教育也不现实。