单位犯罪适用的处罚依据是两罚制，在两罚制中，对单位是判处罚金，判处罚金采取无限额罚金制；

即对罚金的数额未作规定，对直接负责的主管人员和直接责任人员是判处刑罚，这里的刑罚包括自由刑与罚金，主要是自由刑。

关于单位犯罪的问题

（一）关于单位的内部组织能否构成单位犯罪主体的问题。一种观点认为，单位的内部组织，由于其不具有相对独立的民事行为能力和财产责任能力，不能构成单位犯罪的主体。多数同志认为，在一般情况下，单位的内部组织不是独立地进行活动，而是以其所在单位的名义进行活动，因而其行为应当视为其所在单位的行为。但有些单位的内部组织享有相对独立的人、财、物的管理权，可以独立对外活动，如机关里的服务中心、某些企业里实行承包制的部门等。在这种情况下，如果不将其当作单位犯罪的主体，而是当作个人犯罪处理，是不妥的。因此，单位的内部组织，只要具有相对独立的民事行为能力和财产责任能力，就可以构成单位犯罪的主体。

（二）关于承包企业能否成为单位犯罪的主体问题。当前对于承包、租赁性质的企业，应当如何认定单位犯罪不够明确。关于这个问题，比较一致的意见认为，行为人通过签订承包合同，取得对某一企业的经营管理权，并以该企业的名义从事经营活动，是一种经营权的转移，并不意味着所有制改变。行为人通过签订承包协议，取得了企业的经营权，担任厂长或者经理，表明他已取得了企业主管人员的身份。他在经营活动中，不再是以个人名义从事活动，而是以承包企业的名义为该企业的利益从事活动，其行为不是个人行为，而是单位行为。因此，对于承包企业的犯罪行为应以单位犯罪论处。

（三）关于未作为单位犯罪起诉的案件的处理问题。少数同志认为，由于没有起诉单位犯罪，单位就不构成犯罪，追究单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员的刑事责任也就失去了前提。因此，对这种案件只能退回检察机关补充起诉。在检察机关未补充起诉的情况下，不宜对个人追究刑事责任。多数同志认为，从审判实践来看，检察机关把单位犯罪当作个人犯罪起诉的不在少数。如果退回检察机关补充起诉，检察机关又往往不同意。在这种情况下，只能在判决中对单位犯罪的事实予以认定，只是判决书中不出现单位犯罪的字样，也不引用单位犯罪的条款。但在量刑时要考虑单位犯罪的实际情况，参照单位犯罪的法定刑决定刑罚。这体现了原则性和灵活性相结合的原则。

根据《刑法》第三十条，公司、企业、事业单位、机关、团体实施的危害社会的行为，法律规定为单位犯罪的，应当负刑事责任。