首先，二者的保密方式不同。保密协议通常是要求劳动者不得将其获悉的有关用人单位的商业秘密泄露给其他人。即劳动者负有不披露用人单位商业秘密的义务。而竞业限制协议的重点则集中在“竞业”上，即劳动者不得到生产与本单位同类产品或者经营同类业务且有竞争关系的其他用人单位任职或者与生产与本单位同类产品或者经营同类业务且有竞争关系的其他用人单位发生业务关系，也不得自己生产与原单位有竞争关系的同类产品或者经营同类业务。

其次，是否具有期限要求。保密协议一般无期限限制，其贯穿与整个劳动合同关系存续期间以及劳动合同解除、终止之后;而竞业限制协议则有期限限制，根据《劳动合同法》的规定竞业限制的期限不得超过两年。

第三，是否支付经济补偿。签订保密合同可以支付保密津贴，也可以不支付。而竞业限制合同需要用人单位在不违背法律、法规的规定的情况下按合同约定支付竞业限制补偿金。

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根据合同法的有关理论，竞业限制协议具有以下特点：

首先，竞业限制协议是一个双务合同。所谓双务合同是指依照合同的约定双方当事人互负义务的合同。在竞业限制协议中，用人单位应当按照协议约定向劳动者支付经济补偿;劳动者应当按照规定履行其保密义务，如违反其义务，用人单位有权要求劳动者支付违约金。

其次，竞业限制协议是有偿合同。根据当事人之间有无对价可以将合同分为无偿合同和有偿合同。依照竞业限制协议的规定，用人单位应当向劳动者支付经济补偿，从此点可以看出竞业限制协议属于有偿合同。

再次，竞业限制合同是要式合同。《劳动合同法》没有对竞业限制合同的形式作出规定,但绝大多数人认为竞业限制合同应当采用书面形式,甚至有观点认为有必要时双方还可协商公证或者在行业刊物上公示。对于竞业限制的规定通常采用以下三种形式：①在劳动合同中以条款的形式规定;②与保密合同一起规定,如《保密和竞业限制合同》;③单独以竞业限制合同形式规定。

第四，竞业限制合同是一种特殊的从合同。竞业限制合同的存在需要以劳动合同的存在为前提,但竞业限制合同成立后又显示出极大的独立性：竞业限制合同不因劳动合同的解除、终止而解除、终止,反而因劳动合同的解除或终止而促使双方开始履行合同。