1、根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四条，农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。可见，农民集体所有土地用于非农业建设的，才需要给使用权人发给土地使用证，发证机关为县级或者市级土地管理部门。

2、法律依据：《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四条

一、农村土地使用证怎么办理

1.集体土地使用证

土地使用证办理程序《集体土地使用证》办理程序根据《土地管理法》及《土地登记规则》的规定，土地登记按照土地登记申请—地籍调查—权属审核—登记发证的程序办理。

(1)土地登记申请书；

(2)土地使用权利人身份证或户口册复印件；

(3)土地使用的权属证明材料(政府行文)；

(4)初始登记颁发的土地证书；

(5)建设用地批准书(土地违法案件行政处罚决定书)；

(6)批准用地缴税费发票或罚款收据复印件申请者提交以上资料后，国土资源所派员进行地籍权属调查，符合规定的在20个工作日内给予办理并报县级人民政府审查批准，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认使用权。

2.国有土地使用证

《国有土地使用证》办理程序根据《土地管理法》及《土地登记规则》的规定，土地登记按照土地登记申请书—地籍调查—权属审核—登记发证的程序办理。

(1)土地登记申请书；

(2)单位、法定代表人证明，个人身份证明或者户籍证明；

(3)土地权属来源证明材料(政府材料)；

(4)初始登记颁发的土地证书；

(5)地上附着物权属证明；

(6)建设用地批准书(土地违法案件行政处罚决定书)；

(7)批准用地缴税费发票或有关土地使用权出让金支付凭证。委托代理人申请土地登记的，还应当提交授权委托书和代理人身份证明。申请者提交以上资料后，国土资源部门派员进行地籍权属调查，符合规定的在20个工作日内给予办理并报县人民政府审查批准，由县级以上人民政府登记造册，核发证书，确认使用权。

二、农村土地使用证有什么作用

1、改善我国农村土地产权制度建设相对滞后的情况，解决农民对自身的权利不清、义务模糊、不能从自身利益出发，出现乱占滥用耕地等违法行为的问题。

2、强化耕地保护机制，调动亿万农民自觉保护耕地积极性。

3、明确集体的产权主体地位以及农民与农民集体土地所有权的法律关系，将农民与土地财产权紧密联系起来，激发农民和农村集体经济组织保护耕地的积极性。

土地使用证是集体土地所有人依法对集体土地享有占有、收益、处分权的合法凭证，非常的重要，一定要好好保管。