1、区分合法行为与犯罪的界限。根据《渔业法实施细则》第19条的规定，因科学研究等特殊需要。在禁渔区、禁渔期捕捞或者使用禁用的渔具、捕捞方法，或者捕捞重点保护的渔业资源品种，只要经过省级以上人民政府渔业行政主管部门批准，即为合法，不构成本罪。

2、区分一般违法行为与犯罪的界限。不具备情节严重的非法捕捞水产品的行为，如未按渔业法规定取得捕捞许可证而擅自进行捕捞，数量不大的；使用禁用的渔具和方法捕捞水产品但未造成严重危害后果的；偶尔违反捕捞许可证关于作业类型、场所、时限等方面的规定进行捕捞的，属于一般违法行为，尚未构成犯罪，由渔业主管部门或公安机关予以行政处罚。情节是否严重，是区分两者的标准。

非法捕捞水产品罪禁用的工具

禁用工具指禁止使用超过国家关于对不同捕捞对象所分别规定的最小网眼尺寸的渔具。禁用的方法指禁止使用损害水产资源正常繁殖、生长的方法，如炸鱼、毒鱼、电网捕鱼等等。禁渔区、禁渔期指对某种重要的鱼虾贝类产卵场、越冬场和繁殖生长的场所等划定的一定区域，在一定的时间内，禁止全部作业或者限制作业。

《中华人民共和国刑法》第三百四十条违反保护水产资源法规，在禁渔区、禁渔期或者使用禁用的工具、方法捕捞水产品，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。

《中华人民共和国刑法》第三百四十一条非法猎捕、杀害国家重点保护的珍贵、濒危野生动物的，或者非法收购、运输、出售国家重点保护的珍贵、濒危野生动物及其制品的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；情节严重的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；情节特别严重的，处十年以上有期徒刑，并处罚金或者没收财产。

违反狩猎法规，在禁猎区、禁猎期或者使用禁用的工具、方法进行狩猎，破坏野生动物资源，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。

违反野生动物保护管理法规，以食用为目的非法猎捕、收购、运输、出售第一款规定以外的在野外环境自然生长繁殖的陆生野生动物，情节严重的，依照前款的规定处罚。