依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条的规定：当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。因为合同备案后具有法律效应，所以备案合同与施工合同内容不一致，需要以备案合同为准来进行结算。

(一)、依据《招投标法》

第四十六条、招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。

(二)、必须招投标的工程项目，招投人没有按照法定招投标的程序进行招投标，而是自行招标或者是议标的，视为没有办理招投标手续，所签订的建设工程施工合同无效。建设工程纠纷按照无效合同处理。

《招投标法》第五条、招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则”。自行招标或者议标，无法保证公开、公平、公证。

(三)、必须招投标的工程项目，因串标、围标等原因导致中标无效的，所签订的施工合同也无效。建设工程施工合同发生纠纷，按照无效合同处理。

合同备案后，双方又签订了与备案合同实质性内容不同的施工合同或者补充协议的，前后两份合同均无效，应当按照实际履行的合同进行结算。因为中标无效，前合同无效。因为工程项目为必须招投标的项目，后合同没有招投标也无效。

(四)、必须招投标的工程项目，没有经过招投标就签订了施工合同，有的承包人已经进场施工，因无法办理施工许可证和开工证，又补办了招投标手续，仍然以前一个合同的承包人中标，签订了施工合同，进行备案的，前、后两份合同均无效。应当按照实前合同因没有办理招投标无效，但是，前合同是当事人真实的意思表示，是实际履行的合同。后合同因招标人与投标人串标中标无效，导致备案合同无效。

一般来说签订施工合同后进行备案，施工合同和备案合同的内容应该是完全一致的，现在有一些施工单位为了躲避责任签订了两份不同内容的合同，一旦发生纠纷，进入法律程序，则只能按备案合同结算工程款，法律认定的有效的也是备案合同。