1、非营利性医疗机构，是指为社会公共利益服务而设立和运营的医疗机构。它不以营利为目的，收入用于弥补医疗服务成本，实际运营中的收支结余只能用于自身的发展、改善医疗条件、引进先进技术、开展新的医疗服务项目等。

2、营利性医疗机构是指医疗服务所得收益可用于投资者经济回报的医疗机构。它根据市场需求自主确定医疗服务项目并报卫生行政部门核准，参照执行企业财务、会计制度和有关政策。它依法自主经营，医疗服务价格放开，实行市场调节价，根据实际服务成本和市场供求情况自主制订价格。

一、营利性医疗机构税收政策

1、对营利性医疗机构取得的收入，按规定征收各项税收。但为了支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内给予下列优惠：对其取得的医疗服务收入免征营业税；对其自产自用的制剂免征增值税；对营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车般使用税。3年免税期满后恢复征税。

2、对营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收。

二、营利性医疗机构与非营利性医疗机构的性质区别

1、经营目标不同

营利性医疗机构运行的目标是追求利润最大化；非营利性医疗机构运行目标是为特定社会目标，不以赚钱为目的。

2、分配方式不同

营利性医疗机构盈利后，投资者对税后利润可以分红，非营利性医疗机构不以赚钱为目的，但为了扩大医疗规模，也可适当盈利，但这种盈利只能用于自身发展，不能分红。

3、处置财产方式不同

营利性医疗机构经营不善而终止服务，投资者个人可以自行处置其剩余财产；而非营利性医疗机构终止服务后，其剩余财产只能由社会管理部门或其他非营利性医疗机构处置。

4、收支结余的用途不同

营利性医疗机构的收支结余是用于投资者回报。非营利性医疗机构的收支、结余不能用于投资者回报，也不能为其职工变相分配，所有利润和盈余只能投入到机构的再发展中，用于购买设备，引进技术，开展新的服务项目或向公民提供低成本的医疗卫生服务。

5、是否享受财产补贴

政府办的县及县以上非营利性医疗机构，以定向补助为主，由同级财政安排。营利性医疗机构没有任何财政补助。

6、价格标准不同

营利性医疗机构提供的医疗服务实行市场调节价，医疗机构根据实际服务成本或市场供求情况自主制订价格.非营利性医疗机构提供的医疗服务实行政府指导价，医疗机构按照主管部门制订的基准价，并在其浮动范围内，确定其本单位实际医疗服务价格。

根据卫生部、财政部、国家计委《关于城镇医疗机构实施分类管理的意见》中指出：“城镇个体诊所股份制、股份合作制和中外合资医疗机构一般定为营利性医疗机构。”。