随着我国修订后的《公司法》于2006年1月1日起实施，为解决内外资公司法律适用统一问题，国家工商行政管理总局、商务部、海关总署、国家外汇管理局于2006年4月24日印发了工商外企字[2006]81号《关于外商投资的公司审批登记管理法律适用若干问题的执行意见》，确定了新《公司法》施行后的外商投资企业法律适用原则：外商投资的公司的登记管理适用《公司法》和《公司登记管理条例》;有关外商投资企业的法律另有规定的，适用其规定;《公司法》、《公司登记管理条例》、有关外商投资企业的法律没有规定的，适用有关外商投资企业的行政法规、国务院决定和国家有关外商投资的其他规定。显然，这是我国有关外商投资企业主管部门首次明确外商投资企业法律适用的现一般法后特别法的法律适用原则，在当时作为行政法规位阶存在的《外商投资企业清算办法》仍然有效的情况下，正确解决了《公司法》优先适用、有关外商投资企业法规特别适用的原则问题。

其后，随着《外商投资企业清算办法》被国务院于2008年1月15日明令废止，商务部办公厅于2008年5月5日发布了商法字(2008)31号《关于依法做好外商投资企业解散和清算工作的指导意见》，再次明确要求今后外商投资企业的解散和清算工作应按照公司法和外商投资法律、行政法规的相关规定办理。外商投资法律和行政法规有特别规定而公司法未做详细规定的，适用特别规定。

为明确《外商投资企业清算办法》废止后外商投资企业解散、清算、注销的法律适用原则，规范解散审批及注销登记程序，完善外商投资企业退出机制，国家工商行政管理总局、商务部于2008年10月20日发布了工商外企字[2008]226号《关于外商投资企业解散注销登记管理有关问题的通知》，对公司制外商投资企业的解散清算法律适用原则规定了外商投资的公司办理解散、清算、注销应当适用《公司法》、《公司登记管理条例》的有关规定。中外合资的公司还应适用《中外合资经营企业法实施条例》第九十、九十五条，中外合作的公司还应适用《中外合作经营企业法实施细则》第四十八条，外商合资或外商独资的公司还应适用《外资企业法实施细则》第七十二、七十三条关于外商投资企业解散清算的有关规定。