一、理论层面的区分

(一)保护客体

修改权并非是保护作品的内容、表达和思想不受改变的权利，而是保护著作权人的创作自由的权利。

保护作品完整权是保护作品不受歪曲、篡改的权利。歪曲和篡改都是具有贬义之意的词汇，两者的共同点在于其均曲解了著作权人想要呈现给读者的思想。因此可以看出保护作品完整权是保护著作权人的思想与其作品所表达出来的思想的同一性，排除他人对作品进行改动从而使得读者对作品以及著作权人思想观点产生曲解。

(二)权利内容

修改权的内容包含两个方面：首先，著作权人自己对作品进行修改。著作权人对自己的作品可以任意进行修改，不受时间和空间的限制。但是著作权人修改自己作品的权利应当以不侵犯他人的权益为限。其次是授权他人对作品进行修改。但他人行使修改权必须依照著作权人的要求进行，不得违背著作权人的意志。

保护作品完整权的内容包括作品不被歪曲、篡改。我国虽然未在法律中明确指出歪曲、篡改应当达到何种程度才能造成对保护作品完整权的侵犯，但我国大多数学者认为以损害著作权人声誉作为判断侵犯保护作品完整权的标准。

(三)侵权对象

从侵权对象的角度来看，侵犯作著作权人的修改权通常并没有改变作品的内在表达思想，而主要是表现为改变了其外在表现形式；侵犯保护作品完整权却恰恰相反，其不以作品外在表现形式的改变为要件，而是表现为改变作品的内在表达思想。由此可以看出，对于两者权利的侵犯并不必然是基于同一行为，也就是说侵犯修改权并不一定就侵犯了保护作品完整权。

二、实践中的区分

虽然在实践中存在大量同时起诉侵犯修改权和保护作品完整权的情形，但法院在实际的裁判中却往往将两者进行了区分。

首先，保护作品完整权保护的是作品的内容、观点、主题不受歪曲、篡改。因此如果仅是改动、删节或更换了作品外在表现形式，且并没有达到对原作品表达的观點歪曲、篡改的程度，在未经授权或无合法依据时，被告仅侵犯了原告的修改权，而不侵犯保护作品完整权。

其次，修改行为是行为人主观上出于故意对作品进行修改的行为，对于非故意造成的改变，如制作、校对错误、印刷错误等不会侵犯著作权人的修改权。但是如果由于出版社校对人员等工作人员对作品进行修改而导致作品质量低劣，使得著作权人的社会评价降低就应当被认定为侵犯了著作权人的保护作品完整权。